| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 47.8% | 86.1 / 13.9 | 67 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/9); new base C (0/32); total (26/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCT > NC_000913/801969‑802266 | tAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTaaaa > 2:193079/1‑150 (MQ=255) aaGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAacc > 2:513649/1‑151 (MQ=255) aaGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAac < 2:735320/150‑1 (MQ=255) cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAaccacc < 2:934208/151‑1 (MQ=255) cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAaccacc < 2:1076500/151‑1 (MQ=255) gAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAaccacc > 1:27246/1‑150 (MQ=255) ggCGTGGTTGCTTTTTGGTATTTACCTGGGGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAACCCTTTCCCGGACCCGGTCGTAGTGTTAATTGCCGTTGCGGCCTCAATGGTGTTGGTCGGAAATTTAT‑CCGTCGGTGCGTTTAAACCCTCCGCCGt < 1:1199226/150‑1 (MQ=255) ggCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTCCCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgccg < 1:92949/149‑1 (MQ=255) tGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCgg > 2:81791/1‑151 (MQ=255) tttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGtt > 1:405533/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTCCCTGGGGGCCTTTGGGGGGCTGGTTATCAAGCCTTCCCGGGACCCTGTCGTATTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAAGGGTGGTGGTCGGTAACTTAC‑CCGCCGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTAct < 2:789980/148‑1 (MQ=255) tATTTCCCTGGCGGCCTTTGTGGGGTGGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCTTACTTTTAATTGCCTTTGCTCCCTAAATGGGGGTGTTGGGTAACTTAC‑CCGCCGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt < 1:448570/149‑1 (MQ=255) tttCCCTGGCGGCATTTGTGGGGCGGTTTATCAAGCCTTCCCCGGAACCTGTCGTATTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGGGGGGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt < 2:375725/147‑1 (MQ=255) ttACCGGGGGGCCTTTGTGGGTGGGTTTATCAACCCTTCCCCGGACCCTGCCGTGCTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCATTGGTGGGGGTAGG‑AATTTGTCCCGACGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAg < 2:971569/149‑1 (MQ=255) ccgggcggcCTTTGTGGGGCTGGTTATCAAGCTTTCCCCGGACCCTTTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGTTCGGTAATTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTa < 1:781419/146‑1 (MQ=255) ccTGGCGGCCTTTGGGGGGCTGGTTATCAAGCCTTCCCCGGAACCTGTCGTACTGTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTACCTTAC‑CCGAGGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacc < 1:1081028/151‑1 (MQ=255) tGGCGGACATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccac > 2:1136937/1‑151 (MQ=255) ggcggcCTTTGTGGGGCTGGTTATCAACCCTTCCCCGGACCCTGTCGTATTGTTAATTCCCGTTGCTCCCTCATTGGTGGTGGTCGGTACCTTAT‑CCGCCGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccacc < 1:425625/151‑1 (MQ=255) 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gtgGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtgt > 1:1015761/1‑151 (MQ=255) tgGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGtt > 1:480337/1‑151 (MQ=255) tgGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGtt > 2:25660/1‑151 (MQ=255) ggttgtttATCAAGCTTTCCCCGGACCCTGTCGTACTGTTATTTGCCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTCGGTAACTTAC‑CCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc < 2:661059/145‑1 (MQ=255) gtttATCAAGCTTTTCCCGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTGGGTAACTTAC‑CCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCgg < 2:197893/147‑1 (MQ=255) ttATCAAGCTTTCCCCGGACCCTGTCGTATTGTTAATTCCCTTTGCTCCCTAAATGGTGGTGGTCGTTATCTTAC‑CCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGc < 1:517567/148‑1 (MQ=255) tATCAAGCTTTCCCCGGACCCTGTCGTATTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAATTTTC‑CGGACGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGtt < 1:1176486/150‑1 (MQ=255) tATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAC‑CCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGtt < 2:554075/150‑1 (MQ=255) ccTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGAGTTCTCGGCGTTTACCTTa > 1:648099/1‑150 (MQ=255) ttCCAGAAACCTGTCGTACTGTTAATCGCCTTTGCTGCATAAGTGGTGGTGGTGGTTAACTTAC‑CCGACGGTGCTTTTAAAACCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgc < 1:520245/150‑1 (MQ=255) ccgggAACCTGTCGTACTTTTATTTGCCGTTGCTGCCTCATGGGTGGTGGTCGGTAATTTAC‑CCGACGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcg < 1:193077/146‑1 (MQ=255) cccGGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcgc < 2:320701/150‑1 (MQ=255) cccGGACCCTGGCGTCTTGTTATTTCCCGTTGCTCCCTCAATGGGGGTGGTGGTTACCTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcg < 2:1100221/149‑1 (MQ=255) cggtaccctcctttACTGTTATTGGCCGTTTGTGCTTTATTGGTGGTGCAGGGTACTTTTC‑CCGGGGGTTGGTTAAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgccg < 2:383238/138‑1 (MQ=255) gaaccttttCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCa < 2:302983/143‑1 (MQ=255) 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ttAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTCGTTATTTTAC‑CCGACGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGt < 1:531586/150‑1 (MQ=255) tGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGCGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGt > 1:769611/1‑151 (MQ=255) gCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGt > 2:343796/1‑150 (MQ=255) cggTTGCTCCCTCAAGGGTGGGGGTGGTTAATTTAC‑CCGAGGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAgg < 2:544814/146‑1 (MQ=255) ccGTTGCTCCCTCAATGGGGGTGGTCGTTACCTTAC‑CCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGt < 1:127310/149‑1 (MQ=255) tttctgcCTCAATGGTGGTGGTCGTTAACTTAC‑CCGAGGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAgg < 2:862302/142‑1 (MQ=255) ttGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCGTTAATTTAC‑CCGACGGGGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAAc < 1:477859/150‑1 (MQ=255) ttGCTCCCTCAATGGGGGTGGTCGGTAACTTAC‑CCGACGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTaa < 1:42134/148‑1 (MQ=255) ccTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGc > 1:172413/1‑151 (MQ=255) ggtggtggtCGAAAACTTAC‑CCGAGGGTGGGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCt < 1:640034/146‑1 (MQ=255) gggggtggcCGTTATCTTAC‑CCGTCGGTGTTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTa < 2:581965/144‑1 (MQ=255) gggggggttgggTAACTTAC‑CCGAGGGGGTTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACGACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATctg < 1:909337/141‑1 (MQ=255) ggggggggtggttaccTTTT‑CCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATct < 2:804015/135‑1 (MQ=255) tggtCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGAt > 2:335023/1‑151 (MQ=255) tCGGTAATTTAC‑CCGCGGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTg < 1:412120/150‑1 (MQ=255) 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tAT‑CCGCCGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTaaaa < 2:854120/147‑1 (MQ=255) ccGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTa < 2:279880/150‑1 (MQ=255) gtcGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAac < 1:907257/148‑1 (MQ=255) aCGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAacac > 1:1152376/1‑151 (MQ=255) ggTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAaca < 1:886837/148‑1 (MQ=255) 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TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTAT‑CCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCT > NC_000913/801969‑802266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |