Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,350,853 | 0 | A | C | 51.8% | 65.8 / 88.7 | 57 | S725A (TCA→GCA) | arcB | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/6); new base C (0/29); total (21/36) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.54e-09 |
GCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTA > NC_000913/3350708‑3350996 | gCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccg < 2:729478/151‑1 (MQ=255) cccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCCCCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccgccg < 1:155357/150‑1 (MQ=255) cacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCAc < 2:309884/151‑1 (MQ=255) cGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCt > 2:424244/1‑151 (MQ=255) tttCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCttt > 1:102698/1‑150 (MQ=255) cACTTCTACGTCGTGCCCCCACTCTTTTTTCATCTTTCCAACCCATCCCCCGCCGTTATCTCCCCAGC‑CGGGAAGGTCAGG‑AGACTGATTTTGCTGCCCCATTTGTTGCAGATGGGGAAACCCCACGGCCCCCGCCGCACCTTTAAttt < 1:567639/149‑1 (MQ=255) cgtGCCCCCCCTCTTCTTTCTTCTCTTCAATCCATTCCCCGACTTTATCTTCCCGGC‑CGGGAAGGTCAGG‑AGACTGATTTTGCTGCCCCAGTTGTTGAAGTTGGCGTACCCCCCCGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc < 2:138907/148‑1 (MQ=255) cgtGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTc > 1:164979/1‑151 (MQ=255) tgccccccctctTCTTTCATCTCTACACCCCATCCCCCGCCTTTTTCTCCCCAGG‑CGGGAGGGTAAGG‑AGACTAATTTTGCTGCCCCAGTTTTTGCAGATGGCTTCCCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcct < 1:393689/140‑1 (MQ=255) ccccccttttcttTCATCCCTCCAACCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGG‑CCGAAGGGAAGGG‑AGACTGATTTTCCTCACCCAGTTTTTGGAGATGCCTTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaa < 1:833674/140‑1 (MQ=255) ccctctctTCTTTCATCTCTCCACCCCATCCCCCGGTTTTATCTCCCCAGC‑CCGGAGGGTCAGA‑AGACTATTTTTGCTCCCCCAGTTGTTGCAGTGGGTGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAAt < 1:973065/147‑1 (MQ=255) ctctTCTTTCATCTCTTCAACCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGG‑CCGGAAGGCCAGG‑AGACTAATTTTGCCGCCCCTTCTTTGGAGGATGGCGTACCCCCACGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGc < 1:979483/149‑1 (MQ=255) tcttctTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtt > 2:422850/1‑151 (MQ=255) ttcttcCTTCTTTTCAACCCATCCCCCGACTTTTTCTCCCCAGC‑CGGGAGGGTCGGG‑AGACTGAATTTGCTGCCCCGGTTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCt < 2:1002187/148‑1 (MQ=255) ttcttTCATCTCTCCAACCCATCCACCGACGTTATCTCCCCAGG‑CCGGAGGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGCCCCAGTTGTTGAAGATGGCTTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATg < 2:1202227/145‑1 (MQ=255) ttCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTAt > 1:228004/1‑151 (MQ=255) ttCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTAt > 1:104678/1‑151 (MQ=255) tccATCTCTCAAACCCATCCCCCGCCTTTATCTCCCCAGG‑‑CGGGAGGGCAGGAAGACTAATTTTGCTGCCCCATTTTTTGCAGTTGGCTTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttttt < 1:203560/147‑1 (MQ=255) aTCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCt > 2:1044142/1‑151 (MQ=255) ctctacatcccATCCTCCGACTTCTTCTTCCCAGG‑CCGGAGGGTCAGG‑GGATTAATTTTCCTGCCCCATTTTTTTAAGTTGCCGAACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTa < 1:159178/136‑1 (MQ=255) ctctTCAACCCATCCCCCGACGTTATCTCCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGATTTTGCTGCCCCAGCTGTTGAAGATGGCTTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCt < 2:771521/149‑1 (MQ=255) ctTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTgcgc > 2:519181/1‑151 (MQ=255) ttaaacccATCCCCCGACTTTATCTCCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTAATTTTGCTGCCCCAGTTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTgc < 2:392701/142‑1 (MQ=255) aaTCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTc > 2:1179994/1‑151 (MQ=255) aaTCCATCCCCCGCCGTTATCTCCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTAAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTc < 2:1172244/151‑1 (MQ=255) cATTCCCCGCCTTTTTCTCCCCAGG‑CCGAAAGGTCAGG‑AGACTAAATTTGCTGCCCCATCTGTTGCAGGTGGCGTACCCCCACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGa < 1:224121/150‑1 (MQ=255) tcccccGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGCCTGAATTTGCTCCCCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCa < 2:595947/142‑1 (MQ=255) tcccccGACGTTATCTCCCCGGG‑CGGGAGGGTGAGG‑AGACTGATTTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCACGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGAtt < 2:936054/146‑1 (MQ=255) aCGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTcc > 2:613289/1‑150 (MQ=255) ttATCTCCCCAGG‑CCGGAGGGTCAGG‑AGACTGATTTTGCTGCCCCATTTTTTGCAGGGGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGc < 1:376149/150‑1 (MQ=255) tATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCAc > 2:780221/1‑151 (MQ=255) tCCCAGGCCCGGAAGGTAAGG‑AGATTGATTTTCCTACCCCAGCTTTTGCATATGGCTTACCCCCACTGGCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 2:234276/146‑1 (MQ=255) tCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTg > 2:103295/1‑150 (MQ=255) ggAAGGTCGGG‑AGACTAATTTTGCTGCCCCAGTTGTTGAAGAGGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCg < 1:754038/151‑1 (MQ=255) ggAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGAGGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGccc < 2:722012/150‑1 (MQ=255) aaGGTCAGG‑AGACTGATTTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCgg < 2:413149/150‑1 (MQ=255) cAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGcatcat > 1:672934/1‑151 (MQ=255) cTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTtctc > 2:821205/1‑150 (MQ=255) tGATTTTGCTGCCCCAGTTGTTCGAGAGGGCGAACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCAtcttct < 2:591097/148‑1 (MQ=255) attttGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCa < 1:1165636/146‑1 (MQ=255) ttGCGGCCCCAGTTGTTGCAGATGGCTTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAacac < 2:1154849/150‑1 (MQ=255) cTGCCCCCGCTGTTGCAGATGGCGTCCCCCCCCTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCg < 1:1140090/149‑1 (MQ=255) gCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTc > 1:200049/1‑151 (MQ=255) ttGCAGAGGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGt < 2:1008708/150‑1 (MQ=255) gCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGa > 1:767351/1‑150 (MQ=255) aTGGCGTACCCCCACCGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTg < 1:838959/145‑1 (MQ=255) aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGc > 2:543503/1‑151 (MQ=255) aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGc > 1:564950/1‑151 (MQ=255) gcctcaCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAg < 1:59370/142‑1 (MQ=255) cGTACCCCCACGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCg < 2:849315/151‑1 (MQ=255) cGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCg > 1:208346/1‑151 (MQ=255) cGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCg > 1:776917/1‑151 (MQ=255) acccccACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGt < 2:943318/148‑1 (MQ=255) ccccccTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCt < 1:980549/151‑1 (MQ=255) ccccCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTa < 2:961545/151‑1 (MQ=255) cccACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTa < 2:102699/151‑1 (MQ=255) cccACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCt > 2:877762/1‑150 (MQ=255) | GCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGG‑CCGGAAGGTCAGG‑AGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCAGCTTCGGTCCTA > NC_000913/3350708‑3350996 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |