| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 898,598 | 0 | T | A | 43.3% | 94.9 / 34.7 | 67 | A27A (GCT→GCA) | rlmC | 23S rRNA m(5)U747 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/5); new base A (0/29); total (33/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGC > NC_000913/898454‑898743 | cggcggTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAAc < 1:544715/150‑1 (MQ=255) cggTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAAccgcc > 2:265245/1‑151 (MQ=255) ggTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAAccgcc < 2:933830/150‑1 (MQ=255) ttcttcCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGAt > 1:260863/1‑151 (MQ=255) cacttGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTaa > 2:161927/4‑150 (MQ=255) tGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATc > 2:295784/1‑151 (MQ=255) aataatGTGTATAATCGCCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCATTTTACGACGGGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCt < 2:817850/149‑1 (MQ=255) ataatGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCt > 2:977876/1‑151 (MQ=255) taatGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTc > 2:790577/1‑151 (MQ=255) gtgtATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCg > 1:361516/1‑151 (MQ=255) taATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACttt > 1:54270/1‑151 (MQ=255) aaTCGCCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTAGGCAGTGCGCATTTTACGACGGGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGGGAATAATGCAGCCGATTCCAGAGCACCTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACtt < 2:115553/149‑1 (MQ=255) tcgCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGtt > 2:1120696/1‑151 (MQ=255) ccccccTGAGGATGGAAAGG‑TAAGTGTAGGCGGGGCGCATTTTACGCGGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGAATAATGCAGCCGATTCCAGAGCACCCCTCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTg < 1:449127/149‑1 (MQ=255) ccgtgatgaTGTGAGGG‑TAAATGTATGCAGCGCGCTCTTTCCGACGCGGGTCGCTGTCTTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATCCCAGAGCACCTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAgg < 1:36182/148‑1 (MQ=255) cTGATGCTG‑GAAGGTTCAATGTTTGCGGTGCCCGCTTTGGGCCGGGGTTCCCTGTCTTTCCTGTCAGTGTAGAATACACCCGTTCCCAGAGCAACCCCCCGTTAAACCCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGa < 2:1064969/150‑1 (MQ=255) tgatgaTGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAAt > 1:700332/1‑151 (MQ=255) gtgAGGT‑TCAATGTATGCGGTGCGCTTTTTCCGCCGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGACCACCTCTCCGTAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTg < 1:634343/148‑1 (MQ=255) gtgAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTgcgc > 1:110963/1‑151 (MQ=255) gtgAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTgcgc > 2:1107344/1‑151 (MQ=255) gtgAAGG‑TAAATGTATGCAGTGCGCCTTTAACGAGGGGGGTCGCTGTCTTTCTTGTCAGTGGATAATGCAGCCTATTCCAGAGCAACTCTCCGAAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTgc < 2:77760/149‑1 (MQ=255) ggtaaGG‑TAAATGTATGCTGGGCGCATTTTAGGACGGGGGTCGCTTTTTTTCCTGTAAGTGGATATTGGTGCCGTTACCAGAACCCCCCCCCGTAAAATCCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTgc < 2:808649/146‑1 (MQ=255) gtgattttataTGTATGGAGCGCCCATTTTACCACGCGGGCCGCTGTCGTTCCTGTAAGTGGAGATGGCAGCATATCCAAGGGCATCTCTCCTAAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGaa < 1:159024/133‑1 (MQ=255) 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gTATGAAGTGCGCCTTTTACGAGGCGGGTCGCTGTCGTCCCTGCCAGTGGATAATGCAGCGAATCCCAAAGCAACTCCCCCCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAg < 2:445084/150‑1 (MQ=255) tGCGGTGCGCATTTTACGCGGGGGGTCGCTGTCGTTCCTGTAAGTGGAAAAGGCCCCCTATCCCAGAGCATCTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGcc < 2:1165165/150‑1 (MQ=255) gCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCg > 2:268675/1‑151 (MQ=255) agggccctttttACGGCGGGGGTCGCTGCCTTTCCTGTCAGTGAATAATGCGGCCATTTCCAGCCCACCCCTCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCg < 1:845437/140‑1 (MQ=255) gcgcACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCa > 1:518269/1‑140 (MQ=255) cgcACTTTACGACGGGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGGGGATAATGCAGCCGATCCCAGAGCAACTCTCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCa < 2:518288/139‑1 (MQ=255) tttccggggggggTCGCTTTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATCCCAGAGCATCTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGt < 1:784125/140‑1 (MQ=255) tttACGACGGGGTTCGCTTTCTTTCTTGTCAGTGAATAATGCAGCCGTTTCCAGACCACCTCTCCCCAAAACCCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGt < 1:456103/150‑1 (MQ=255) ttACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGttt > 1:935067/1‑151 (MQ=255) gggTCGCTTTCTTTCCTGTCAGTTGATAACGGAGCTGTTTCCAAAGCACCCCCCCGAAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaataa < 2:680496/150‑1 (MQ=255) ggTCGCTGTCTTCCCTTTCATGGGATAAGGCAGCCGATTCCAGAGCACCTCTCCCCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAg < 1:569779/151‑1 (MQ=255) ggTCGCTGTCGTTCCGGTCAGTGAATAATGCAGCCGTTCCAAGACCACCTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAg < 1:590656/151‑1 (MQ=255) tCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGcc > 2:1030194/1‑151 (MQ=255) tCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGcc > 2:942756/1‑151 (MQ=255) gCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCGGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCa > 2:942954/1‑150 (MQ=255) gTCGTTCCTGTCGGTGGATAAGGCAGCCGATTCCAGAGCACCTCTCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCaaa < 1:451555/149‑1 (MQ=255) gTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAt > 1:903819/1‑151 (MQ=255) tCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAtg > 2:1145446/1‑151 (MQ=255) gTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAtggt > 2:450054/1‑151 (MQ=255) tcccTGTCAGGGGAAAATGCACCCTATTCCAGACCACCTCCCCGAAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCaaaa < 2:591651/144‑1 (MQ=255) ccTGTCAGGGGAAAATGCAGCCGATCCCAGAGCACCTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAtggtg < 1:472948/149‑1 (MQ=255) tCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGt > 2:174077/1‑151 (MQ=255) aTAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCg > 2:584043/1‑151 (MQ=255) aagccAGCCGTTTCCAGAGCACCCCCCCCCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGt < 2:194817/138‑1 (MQ=255) aaTGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAg < 2:449781/147‑1 (MQ=255) tGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTg > 2:364065/1‑150 (MQ=255) tGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTg > 1:506484/1‑150 (MQ=255) tGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTg > 2:728410/1‑150 (MQ=255) ggCAGCCGATACCAGACCAACTCCCCGAAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCg < 1:145712/146‑1 (MQ=255) tCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTg > 2:744980/1‑151 (MQ=255) 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aaCTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGt < 2:181044/149‑1 (MQ=255) tctcCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTAtgct > 1:1095634/1‑151 (MQ=255) cccccatAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTAtgctg < 2:42123/145‑1 (MQ=255) ccccGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTAtgct < 2:132436/148‑1 (MQ=255) ccGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTAtgctgc > 2:1152877/1‑150 (MQ=255) | CGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGG‑TCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGC > NC_000913/898454‑898743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |