New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 59221 = | 116 (1.100) | 29 (0.270) | 4/298 | 18.4 | 20.0% | pseudogene (170/228 nt) | yabP | pseudogene, pentapeptide repeats‑containing |
? | NC_000913 | 273955 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
ACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATAAGCTAAGGTTGAAGGGGCTGGAACGCCCCTTCAACCTTAGCAGTAGCGTGGGATGATTTCACAATTAGAAAGACCTGCATGATGAGCT > NC_000913/59073‑59366 | accccggacggtgctaACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGctacta < 3:1089394/151‑1 (MQ=255) ccccggacggtgctaACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGctacta > 3:403027/1‑150 (MQ=255) ccggacggtgctaacccggacggtgctaacCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTaaaa < 2:154192/151‑1 (MQ=255) cggacggtgctaacccggacggtgctaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTaaaaa < 2:152224/151‑1 (MQ=255) ggacggtgctaacccggacggtgctaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTaaaaaa < 3:248081/151‑1 (MQ=255) ggacggtgctaacccggacggtgctaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTaaaaa > 2:751076/1‑150 (MQ=255) ggacggtgctaacccggacggtgctaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTaaaaa > 2:372534/1‑150 (MQ=255) acggtgctaacccggacggtgctaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGt < 3:686100/151‑1 (MQ=255) 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tactaAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATAAGCTAAGGTTGAAGGGGCTGGAACGCCCCTTCAACCTTAGCAGTAGCGTGGGATGATTTCACAATTAGAAAGACCTGCATGATGAGCt > 3:1012517/1‑148 (MQ=255) tactaAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATAAGCTAAGGTTGAAGGGGCTGGAACGCCCCTTCAACCTTAGCAGTAGCGTGGGATGATTTCACAATTAGAAAGACCTGCATGATGAGCt > 2:342365/1‑148 (MQ=255) | ACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATAAGCTAAGGTTGAAGGGGCTGGAACGCCCCTTCAACCTTAGCAGTAGCGTGGGATGATTTCACAATTAGAAAGACCTGCATGATGAGCT > NC_000913/59073‑59366 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |