| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,350,844 | 0 | A | C | 46.6% | 149.3 / 17.8 | 88 | L728V (TTA→GTA) | arcB | aerobic respiration control sensor histidine protein kinase, cognate to two‑component response regulators ArcA and RssB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/8); new base C (0/41); total (39/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.84e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCA > NC_000913/3350695‑3350984 | tttAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑c > 2:682853/1‑151 (MQ=255) tAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑ccc > 3:526489/1‑151 (MQ=255) aGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑ccc < 3:866065/150‑1 (MQ=255) tGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCAc > 4:8697/1‑151 (MQ=255) gCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTg < 2:210146/151‑1 (MQ=255) cTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTg > 3:1491299/1‑150 (MQ=255) tGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGAcccc > 2:1283782/1‑151 (MQ=255) ccacccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCccgc > 3:1139759/1‑151 (MQ=255) cacccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCccgcc > 2:897622/1‑151 (MQ=255) cacccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCccgcc > 3:241958/1‑151 (MQ=255) cacccacGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCccgcc < 2:559861/151‑1 (MQ=255) cGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCt > 2:1551657/1‑151 (MQ=255) gCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCtt > 3:69660/1‑151 (MQ=255) ttCAGCACTTCTCCGTCGTGCCCCCCCTCTTCTTCCATCTCTTCAACCCATCCCCCGACGTTATCTCCCCGGGCGGGAGGGTCAGGAGATTGATTTTGCTGCCCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACGGCCCCCGCCGCACCttt < 3:943121/149‑1 (MQ=255) cAGCACTTCTCCGTCGTGCCGCCACTCTTCTTTCATCTCTTAAACCCATCCCCCGCCGTTATCTCCCCGGGCGGGAAGGTCAGGAGACTAAATTTGCGGCCCCAGTTGTTGCAGATGGCG‑AAC‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAt < 3:744200/150‑1 (MQ=255) cAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAtt > 3:1401750/1‑151 (MQ=255) aGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAttt > 2:1097195/1‑151 (MQ=255) cACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAtttt > 2:760895/1‑150 (MQ=255) 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ccACTTTTCTTTCACCTCTAAAATCCTTCCCCCGATTTTACCTCCCCAGGCGGGAGGGTAAGGCGACAAAATTTGTGGCCCCACTTGTTGAAGTTGGCG‑AAC‑CCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaa < 2:951187/146‑1 (MQ=255) cACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGc > 2:1067709/1‑151 (MQ=255) cACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGc > 3:426952/1‑151 (MQ=255) ctctTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCt > 2:1337032/1‑151 (MQ=255) tcttctTTCATCTCTTCAATCCATACCCCGACGTTATCTCCCCAGGCCGGAGGGTAGGGAGACTGAATTTGCTGCCCCAGCTTTTGCAGATGGCG‑TAC‑CCCCGCGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaac < 2:904132/143‑1 (MQ=255) tcttctCTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtt > 2:1226636/1‑151 (MQ=255) tcttTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttttt > 2:159541/1‑151 (MQ=255) cttTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttttt > 2:1470217/1‑151 (MQ=255) cttTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttttt > 2:884791/1‑151 (MQ=255) tttCATCTCTTCACCCCATCCCCCGACTTTATCTCCCCGGGCGGGAAGGTCAGGAGACTAATTTTGCTGCCCCATTTTTTGCAGTGGGCT‑AAC‑CCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttt < 3:189426/147‑1 (MQ=255) 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tGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACACTGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCg > 3:966884/1‑151 (MQ=255) cccAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAAcc > 2:930241/1‑151 (MQ=255) aGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGt > 2:303058/1‑151 (MQ=255) tGTTGCAGACGGCC‑CAC‑CCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCg < 3:586369/150‑1 (MQ=255) gTTGCAGATGGCG‑TAC‑CCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTc < 3:575738/148‑1 (MQ=255) ttGCAGATGGCG‑TAC‑CCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGt < 2:1473257/150‑1 (MQ=255) tGCAGAGGGCA‑TAC‑CCCCACTCCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTg < 3:1294346/150‑1 (MQ=255) gATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATc > 2:433841/1‑149 (MQ=255) ggCG‑AAC‑CCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCa < 2:1229124/147‑1 (MQ=255) ggCA‑TAC‑CCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCa < 3:303587/147‑1 (MQ=255) | TTTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTCAATCCATTCACCGACGTTATCTTCCCAGGCCGGAAGGTCAGGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCG‑TAA‑CCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCACGCTGACATAGCCCGGCATCATCTTCTCAAACACCGCTAACCCGTCGGTGATCA > NC_000913/3350695‑3350984 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |