Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 4,536,197 | 0 | A | T | 42.3% | 117.6 / 81.3 | 97 | intergenic (+166/+417) | yjhR/nanS | pseudogene, helicase family; putative frameshift suppressor/9‑O‑acetyl N‑acetylneuraminic acid esterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/51); new base T (41/0); total (46/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-22 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCT‑ATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCC > NC_000913/4536051‑4536346 | aTACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGaa < 3:822133/151‑1 (MQ=255) aCAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAAt < 2:427642/150‑1 (MQ=255) aCAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATg < 3:844639/151‑1 (MQ=255) cAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGGTTTTTggt > 3:863894/1‑146 (MQ=255) cAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATga < 2:82917/151‑1 (MQ=255) aGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATgaa < 2:283074/151‑1 (MQ=255) gAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGGGGTTTTGGGATgaaa > 3:1017207/1‑150 (MQ=255) tagtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGGCTTTTTTGTATgaaa > 3:875528/1‑147 (MQ=255) agtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATgaaagaaa < 3:86018/150‑1 (MQ=255) gtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTTTGTATGAAAGaaaa > 3:170345/1‑150 (MQ=255) gtaAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAAt < 2:171336/151‑1 (MQ=255) taAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGGCTTTTTTGGATGaaaaaaaa > 2:734500/1‑149 (MQ=255) aaaGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATgc < 2:1226092/151‑1 (MQ=255) aaGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATgca < 3:687185/151‑1 (MQ=255) aaGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATgca < 2:558771/151‑1 (MQ=255) aGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaa < 3:674035/151‑1 (MQ=255) ggCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATgcaagc < 2:1528282/151‑1 (MQ=255) gCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGGTCATTTAGGGAAGaaaaaaaaaataa > 3:1329260/1‑143 (MQ=255) 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aGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCT‑ATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGccc < 2:897592/150‑1 (MQ=255) | ATACAGGAGTAGTAAAGGGCATATTTTACCAATGTTAAGGCGACTTTCCGTTTTATTGCGAGTCGCCTTTCCTGATTATAAATCTTATTGTTTACCTAATCATTTTCCTTTGCATAATGCGCCTGGGATTAATGGC‑GGGTGCTTTTAGGAATGAAAGAAAATGCAAGCAATAATATAAT‑AATGGCCT‑AATTTCTTTGAACATCATTAAGCATATCATCATCGTCT‑ATTTGCCAGAATCCGTCGACTTATAATCGCCAGAACGGCATATCAGGACGGTGCTGCGAACGCTGTGGCCC > NC_000913/4536051‑4536346 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |