| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,257,602 | A→T | N163I (AAT→ATT) | lexA → | transcriptional repressor of SOS regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,257,602 | 0 | A | T | 97.9% | 371.2 / ‑0.8 | 96 | N163I (AAT→ATT) | lexA | transcriptional repressor of SOS regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (46/48); total (47/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
GCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCAATAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACATATCTCTGAGACCGCGATGCCGCC > NC_000913/4257455‑4257749 | gcgTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGCTGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTa > 3:267295/1‑150 (MQ=255)gcgTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTaa < 3:879539/151‑1 (MQ=255) cgTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTaaa < 2:5999/151‑1 (MQ=255) cgTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTaa > 3:257078/1‑150 (MQ=255) gTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAg < 2:553580/151‑1 (MQ=255) cAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTc < 2:1463720/151‑1 (MQ=255) aGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCg < 3:272868/151‑1 (MQ=255) gCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGa < 2:1604201/151‑1 (MQ=255) 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aCGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTg < 3:1185376/151‑1 (MQ=255) aGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTg < 2:148951/151‑1 (MQ=255) aGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCAATAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGGTATTCGCAACGGCGACTgg > 3:376975/1‑148 (MQ=255) tACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGGTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTa > 3:1133448/1‑150 (MQ=255) aCCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTAGCCACGGCGACTGGCTGTaa > 3:1147811/1‑150 (MQ=255) gTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACata < 2:1433463/151‑1 (MQ=255) gTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACata < 2:1320421/151‑1 (MQ=255) tAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGGTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACata > 2:951879/1‑149 (MQ=255) gcgcCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACATATctct > 2:317670/1‑151 (MQ=255) cgcCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAAAATATctct > 2:1615658/1‑150 (MQ=255) gcCTGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACATATCTCTga < 2:183237/151‑1 (MQ=255) tGAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTTGGGGTATTTGCAACGGCGACCGGCTGTTAAATAtct > 3:572849/1‑144 (MQ=255) gAAAAAACAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACATATCTCTGAGAcc < 3:875872/151‑1 (MQ=255) aaaCAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGGTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACATATCTCTGAGACcgcg > 2:458436/1‑150 (MQ=255) aaCAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACATATCTCTGAGACCGCGAt < 3:897874/151‑1 (MQ=255) cAGGGCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACATATCTCTGAGACCGCGATgc < 2:1407694/151‑1 (MQ=255) gCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACATATCTCTGAGACCGCGATgccgcc < 2:926579/151‑1 (MQ=255) gCATTAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCCGTAACATATCTCTGAGACCGCGATgccgcc > 2:1642313/1‑151 (MQ=255) | GCGTCAGCGGGATGTCGATGAAAGATATCGGCATTATGGATGGTGACTTGCTGGCAGTGCATAAAACTCAGGATGTACGTAACGGTCAGGTCGTTGTCGCACGTATTGATGACGAAGTTACCGTTAAGCGCCTGAAAAAACAGGGCAATAAAGTCGAACTGTTGCCAGAAAATAGCGAGTTTAAACCAATTGTCGTTGACCTTCGTCAGCAGAGCTTCACCATTGAAGGGCTGGCGG‑TTGGGGTTATTCGCAACGGCGACTGGCTGTAACATATCTCTGAGACCGCGATGCCGCC > NC_000913/4257455‑4257749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |