Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,684,712 | 0 | A | C | 42.9% | 88.2 / 15.1 | 56 | T152P (ACC→CCC) | tus | inhibitor of replication at Ter, DNA‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/7); new base C (0/24); total (25/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.52e-10 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TAACCTTTCGCAAGCAGCGTTGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCAC > NC_000913/1684567‑1684862 | tAACCTTTCGCAAGCAGCGTTGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCtt > 1:165346/1‑151 (MQ=255) cAAGCAGCGTTGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTAcc > 1:991376/1‑151 (MQ=255) aaGCAGCGTTGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCg < 2:707374/151‑1 (MQ=255) gcagcGTTGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCa < 2:811069/151‑1 (MQ=255) cagcGTTGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCAc > 1:690691/1‑151 (MQ=255) gcGTTGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGc > 1:10035/1‑151 (MQ=255) ggTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCAcc > 1:736304/1‑151 (MQ=255) tcagtcaTATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGt > 2:183212/1‑151 (MQ=255) gtcaTATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑Ct > 2:1006177/1‑151 (MQ=255) atatTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGc > 1:1023323/1‑150 (MQ=255) cAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGAcc < 1:163913/151‑1 (MQ=255) cacaTCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCg < 1:133224/151‑1 (MQ=255) acaTCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGc < 1:436481/151‑1 (MQ=255) 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gAGCATATCGTCACGGTTAAATCAGACCCCCCCCCCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCCCCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc < 2:359596/146‑1 (MQ=255) cATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAAc > 2:578491/1‑151 (MQ=255) cGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTa > 2:205510/1‑150 (MQ=255) ttaattCAGACCCCCCCCCCGCGGCAGGTTTTGAGGGGG‑TGCATCGTCTTTTCCCGGGCCTGATCCCCATTACTGCTAACCGCTCGCTCCCCTTT‑CTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 2:683452/140‑1 (MQ=255) aaacaaaaCCCCCCCCCGCGCCACTTTTGGAAGGGG‑TGCATCGTCTTTGGCCGGGGCTGACCCCCTTTATTGCTTCCCGCACGCCCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAtt < 1:87957/144‑1 (MQ=255) aaTCAGACCCCCCCCCCGCGCCCCTTTTTGAATGGG‑TCCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGACCCCCCTTAATGCTTACCGCGCGCTCCCCGTT‑CTGCACCCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGa < 1:21423/147‑1 (MQ=255) aaTCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAttt > 1:651352/1‑151 (MQ=255) aaTCAGAACCCCCCCCCGCGGCACTTTTTGAAGGGG‑TGCATCGTCATTTGCGGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCACGCTCCCCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAttt < 2:679744/151‑1 (MQ=255) caaacccccccccCGCGGCATGTTTTGAAGGGG‑TGCTTCGTCATTTGCCGGGGCTGATCCCCTTTATTGCTTCCCGCACGCTCACCTTT‑CTCCCCGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAtt < 1:233025/140‑1 (MQ=255) aGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACAt > 1:659537/1‑151 (MQ=255) aGAACCCCCCCCCGCGGCATTTTTTGAATGGG‑TGCATCGTTTTTTGCGGGGGCTGATCCCCTTTAATTCTTCCCGCACGCCCCCCGTT‑CTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTAc < 1:977713/149‑1 (MQ=255) acccccccccCGCGGCGCTTTTTGAGTGGG‑TGCATCGTCATTTGCGGGGGCTGTTCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCGCTCCCTTTT‑CTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCg < 1:1095389/147‑1 (MQ=255) aCTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGt > 1:608517/1‑151 (MQ=255) ccccccACCGCGGCACGTTTTGAGTGGG‑TCCACCCCCATTTGCGGGGCCTGACCCCCTTTATTGCTTCCCGCCCGCCCCCCGTT‑CTCCCCCACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCg < 1:738590/147‑1 (MQ=255) tCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAGTAAACATATCATTAAGAATTTACATCGt > 1:418462/1‑149 (MQ=255) 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tttGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCACGCCCCCCTTT‑CTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAAt < 2:538618/149‑1 (MQ=255) ttGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATcac > 1:713266/1‑151 (MQ=255) gggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGc > 2:282101/1‑150 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAgtg > 2:138344/1‑151 (MQ=255) tGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAgtgt > 1:211341/1‑151 (MQ=255) gATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTc > 1:465602/1‑151 (MQ=255) aTCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCg > 1:1127287/1‑151 (MQ=255) cACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGc > 2:852835/1‑150 (MQ=255) aCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCAc > 1:165374/1‑151 (MQ=255) | TAACCTTTCGCAAGCAGCGTTGGTCAGTCATATTCAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACCGCGGCACGTTTTGAATGGG‑TGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTT‑CTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCAC > NC_000913/1684567‑1684862 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |