| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,211,308 | G→T | intergenic (+129/‑105) | mcrA → / → icdC | putative 5‑methylcytosine/5‑hydroxymethylcytosine‑specific restriction nuclease; 5‑methylcytosine DNA binding protein/pseudogene, isocitrate dehydrogenase C‑terminal gene fragment; idcC' is a 54 codon 3' gene fragment created during e14 prophage insertion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,211,308 | 0 | G | T | 100.0% | 334.4 / NA | 86 | intergenic (+129/‑105) | mcrA/icdC | putative 5‑methylcytosine/5‑hydroxymethylcytosine‑specific restriction nuclease; 5‑methylcytosine DNA binding protein/pseudogene, isocitrate dehydrogenase C‑terminal gene fragment; idcC' is a 54 codon 3' gene fragment created during e14 prophage insertion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (48/38); total (48/38) | |||||||||||
AAACCGATTACAGAAATAAAATTATTTATTAAAGTCACATTTAAGACGTAATACCCTACAGGGTAAAAATTTTCTCTGATCTTAACTTCTGCAAATGTTAACTGCTATTTTTATGCTAAAAATGGTTATCAAAACTCAAAAACACATGTTTATAATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTG > NC_000913/1211161‑1211455 | aaaCCGATTACAGAAATAAAATTATTTATTAAAGTCACATTTAAGACGTAATACCCTACAGGGTAAAAATTTTCTCTGATCTTAACTTCTGCAAATGTTAACTGCTATTTTTATGCTAAAAATGGTTATCAAAACTCAAAAACACATtttt > 2:257623/1‑151 (MQ=255) aaCCGATTACAGAAATAAAATTATTTATTAAAGTCACATTTAAGACGTAATACCCTACAGGGTAAAAATTTTCTCTGATCTTAACTTCTGCAAATGTTAACTGCTATTTTTATGCTAAAAATGGTTATCAAAACTCAAAAACACATTTTta < 1:1142321/151‑1 (MQ=255) aCCGATTACAGAAATAAAATTATTTATTAAAGTCACATTTAAGACGTAATACCCTACAGGGTAAAAATTTTCTCTGATCTTAACTTCTGCAAATGTTAACTGCTATTTTTATGCTAAAAATGGTTATCAAAACTCAAAAACACATTTTtat > 2:583156/1‑151 (MQ=255) 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AAACCGATTACAGAAATAAAATTATTTATTAAAGTCACATTTAAGACGTAATACCCTACAGGGTAAAAATTTTCTCTGATCTTAACTTCTGCAAATGTTAACTGCTATTTTTATGCTAAAAATGGTTATCAAAACTCAAAAACACATGTTTATAATCAATGAGTTATAGAAATGCTAAGGGCTAATGAGTTATATGCAAATTAGTAAAATTATGTTGCTATGTCAGATAGTTACGATTTAGTCATCTAACTAATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTG > NC_000913/1211161‑1211455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |