| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,805,131 | +T | coding (317/1203 nt) | proV → | glycine betaine/proline ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,805,131 | 1 | . | T | 97.2% | 272.7 / ‑0.7 | 72 | coding (317/1203 nt) | proV | glycine betaine/proline ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base T (23/47); total (25/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTTGTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AA‑AAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAGGTCGGGC > NC_000913/2804982‑2805274 | atTTGTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGa‑aat < 2:1166531/151‑2 (MQ=255) tttGTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGa‑aat > 2:385284/1‑149 (MQ=255) gTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGa‑aa‑taaag < 2:1059874/151‑3 (MQ=255) 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caATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGc > 1:637688/1‑151 (MQ=255) aaTGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGcc < 2:341506/151‑1 (MQ=255) aTGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCg < 2:276799/151‑1 (MQ=255) gTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCat > 2:36955/1‑151 (MQ=255) gCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGa < 1:1140850/151‑1 (MQ=255) 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ccGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTAt > 2:565990/1‑151 (MQ=255) gcgGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATgg < 1:917255/151‑1 (MQ=255) cgGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGa < 2:855568/151‑1 (MQ=255) gggCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGaa < 1:331404/151‑1 (MQ=255) aaGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTgg < 2:628518/151‑1 (MQ=255) gCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCg < 2:21657/150‑1 (MQ=255) attgatGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAAtt < 2:535062/151‑1 (MQ=255) gatGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAAt > 1:1182007/1‑151 (MQ=255) gatGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAAt > 1:582112/1‑151 (MQ=255) gatGGTGTGGATATTGCCAAAATATCAGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTaa < 2:1032451/150‑1 (MQ=255) 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atTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGc > 1:835201/1‑151 (MQ=255) atTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGc > 1:766222/1‑151 (MQ=255) aaaaTATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGaa < 1:849405/151‑1 (MQ=255) aaaTATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGaaa < 1:1120152/151‑1 (MQ=255) aaTATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGaaaa < 2:890089/151‑1 (MQ=255) aaTATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGaaa > 1:383915/1‑150 (MQ=255) atatCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGaaaaa < 1:911712/151‑1 (MQ=255) atCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGc > 1:491066/1‑151 (MQ=255) tCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGcc > 2:862102/1‑151 (MQ=255) ccGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGACAT‑AAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGccc > 1:1098749/1‑151 (MQ=255) 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ccGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATg < 1:655774/151‑1 (MQ=255) aaCTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCAc < 2:186267/151‑1 (MQ=255) ccGTGAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTg < 1:1133422/149‑1 (MQ=255) gAGGTGCGCAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCa < 1:603412/150‑1 (MQ=255) gcgcAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAGGTCg < 1:152451/150‑1 (MQ=255) gcAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAGGTCGGGc > 2:697942/1‑151 (MQ=255) gcAGA‑AATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAGGTCGGGc < 2:474072/151‑1 (MQ=255) | ATTTGTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGA‑AA‑AAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAGGTCGGGC > NC_000913/2804982‑2805274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |