| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 46.8% | 105.5 / 15.0 | 77 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/12); new base C (0/36); total (29/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTC > NC_000913/801976‑802265 | aCTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCAccgcc < 2:1023157/151‑1 (MQ=255) tGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGt > 2:348783/1‑151 (MQ=255) cGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTAtt > 1:498658/1‑151 (MQ=255) gTGGGTGTTTTTTGTTTTTTCCCTGGGGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCTTTT‑CCC‑GGACCCTGTCTTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTAtt < 1:1005678/150‑1 (MQ=255) tGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTa > 1:111629/1‑150 (MQ=255) gggTGTTTTTTGGTATTTCCCTGGCGGCCTTTGTGGGGCTGTTTATCAACCTTTT‑CCC‑GGACCCTTTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAAT‑TTACCCGACGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTaa < 1:634898/150‑1 (MQ=255) tttttGGTATTTCCCTGGGGGCCTTTGGGGGGCTGGTTACCAAGCCTTT‑CCC‑GGACCCTGTCGTATTGTTAATTGCCGTTGCTCCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTACT‑TTACCCGACGGTGCTTTAAAAACCACCGCCGTATTAAGCgg < 1:712758/148‑1 (MQ=255) tttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTAc > 1:437734/1‑150 (MQ=255) ggTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt > 1:700543/1‑151 (MQ=255) tATTTCCCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTC‑CCC‑GGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGAGGGTGCTTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTActct < 2:347718/148‑1 (MQ=255) tttCCCGGGCGCCCATTGTGGGGCTGGTTATCAA‑CCTTT‑CCCGGGACCCTGTCGTCCTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCtt < 2:135290/147‑1 (MQ=255) tttACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg > 2:20026/1‑151 (MQ=255) tttACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg > 2:550163/1‑151 (MQ=255) ggcggcCATTGGGGGGCTGGTTATCAAGCCTTC‑CCC‑GGACCCTGTCGTTCTTTTAATTCCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTATC‑TTACCCGACGGTGCGTTAAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccac < 2:237463/150‑1 (MQ=255) ggcgccCATTGTGGGGCTGTTTACAAAGCCTTC‑CCC‑GGACCCTGTCTTACTTTTAATTGCCGTTGCTCCCTCAATGGGGGTGGCGGGTAAT‑TTACCCGGCGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacca < 1:535165/149‑1 (MQ=255) gcggcattgggggggCGGTTTATCAAGCTTTC‑CCC‑GGACCCTGTGGTCCTTTTAATTGCCTTTGCTGCCTAAAGGGGGGTGGTGGGTACC‑TTACCCGACGTTGCGTTTAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacca < 2:1011723/137‑1 (MQ=255) gcCATTGGGGGGCTGGTTATCAAGCCTTT‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGACGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctgg < 1:542777/150‑1 (MQ=255) ggTTATCAAGCCTTC‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTTTTAATTGCGGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTCGGTATT‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGc < 1:867202/150‑1 (MQ=255) 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tt‑CCC‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcg > 2:943575/1‑151 (MQ=255) ccc‑GGCTCCTGTCGTTTTGTTAATGCCGGTTGCTTCCTCAATGG‑GGGGGATAGTAACTTTACCCGGTTGGGCGTTTAAACCCGCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgct < 1:1056129/149‑2 (MQ=255) ccc‑GGACCCTGTCGTCCTTTTAATTGCCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAT‑TTACCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcgc < 1:558967/150‑1 (MQ=255) ccc‑GGACCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTATT‑TTACCCGACGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgc < 1:1082680/148‑1 (MQ=255) ccc‑GGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGGGGTGGTCGGTAAT‑TTACCCGAGGTTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAgcgc < 2:579547/150‑1 (MQ=255) acccTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAT‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCAt < 1:335666/148‑1 (MQ=255) aaCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCAtt > 1:246054/1‑151 (MQ=255) aaCCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCAtt > 2:738897/1‑151 (MQ=255) gTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGACGGGGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgt < 2:1199890/149‑1 (MQ=255) cGTTCTTTTAATGGCCGTTGCTGCCTCACTGGGGGTGTTCGTTATT‑TTATCGGCCGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgt < 1:703172/147‑1 (MQ=255) ttATTTCCCTTTGCTCCCCAAATGGTGTTGGTCGTTATC‑TTACCCGACGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 1:358781/146‑1 (MQ=255) ttAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGacca < 1:965518/145‑1 (MQ=255) ttAATTCCCGTGGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTTTCCGACGGTGCGTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCgg < 2:543468/149‑1 (MQ=255) ttAATGGCCGTTGCTGCCTAAAGGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGACGGTGCTTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCgg < 2:104842/149‑1 (MQ=255) tAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGttt > 2:36085/1‑151 (MQ=255) 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agtggtggtggTTGGAAAT‑TAATCCGTCGGGGCTTTAAAAACCTCCGCCGTATTAAGCGGTTACGCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTAt < 1:730225/149‑1 (MQ=255) aaTGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTAt > 2:785828/1‑151 (MQ=255) aaTGGGGGTGGTGGGTCAT‑TTACCCGGCGGTGTTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTg < 1:833494/146‑1 (MQ=255) aaTGGGGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGACGGTGCGTTAAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTAt < 1:550137/151‑1 (MQ=255) ggtggtggtTGGTACC‑TTATCCGGCGGTGCGTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTa < 1:711773/147‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |