| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,805,131 | +T | coding (317/1203 nt) | proV → | glycine betaine/proline ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,805,131 | 1 | . | T | 98.6% | 260.9 / ‑2.9 | 69 | coding (317/1203 nt) | proV | glycine betaine/proline ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (28/40); total (29/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
ATTTGTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAA‑AAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAGGTCGGGCT > NC_000913/2804982‑2805275 | atTTGTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGaaa < 2:928848/150‑1 (MQ=255) tttGTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGaaat > 2:642808/1‑149 (MQ=255) tGTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGaaa‑taa > 2:176799/1‑150 (MQ=255) catGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTg < 2:471570/150‑1 (MQ=255) catGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGc > 1:101233/1‑151 (MQ=255) catGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGc > 2:200780/1‑151 (MQ=255) gggATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGAt < 1:786517/151‑1 (MQ=255) gggATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGAt < 2:539985/151‑1 (MQ=255) 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aTGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCg > 2:1021879/1‑151 (MQ=255) aTGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCg > 1:311506/1‑151 (MQ=255) gTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCat < 2:901630/151‑1 (MQ=255) tACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCat > 1:1051322/1‑150 (MQ=255) aCGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCata < 1:401196/150‑1 (MQ=255) tctcAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGt > 2:732993/1‑151 (MQ=255) cAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTg < 2:217898/149‑1 (MQ=255) cAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGc < 1:194411/150‑1 (MQ=255) aaTCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTg < 1:40897/151‑1 (MQ=255) aaTCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTg > 1:1107398/1‑151 (MQ=255) 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gAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCg < 2:1151914/151‑1 (MQ=255) acccGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGt < 1:744663/151‑1 (MQ=255) ccGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTAt < 2:1096403/151‑1 (MQ=255) ccGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTAt < 1:761832/151‑1 (MQ=255) ccGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTAt < 1:87801/151‑1 (MQ=255) gggCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGa > 1:267158/1‑150 (MQ=255) ggCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAAt < 1:113372/151‑1 (MQ=255) aaGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTgg < 1:490059/151‑1 (MQ=255) gCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCgg < 1:1093989/151‑1 (MQ=255) tgattgatGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGa > 1:1126387/1‑150 (MQ=255) gatGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTaa < 2:1120163/150‑1 (MQ=255) gtgGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCga < 2:72369/150‑1 (MQ=255) tgGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCga > 1:856863/1‑149 (MQ=255) ggATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCga > 1:81109/1‑148 (MQ=255) atatTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAAc > 2:657159/1‑151 (MQ=255) ccAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCggg > 2:460417/1‑151 (MQ=255) ccAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCggg > 2:759771/1‑151 (MQ=255) atatCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGaaaaa < 1:487837/151‑1 (MQ=255) atatCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGaaaa > 2:1106671/1‑150 (MQ=255) atCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAg < 1:82779/150‑1 (MQ=255) 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gCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGAt > 2:1050859/1‑151 (MQ=255) ccGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATg < 1:146868/151‑1 (MQ=255) cGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAA‑AAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGc > 2:955811/1‑150 (MQ=255) gAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCa < 1:634084/151‑1 (MQ=255) ccGTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTg < 2:1069944/149‑1 (MQ=255) gTGAGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTc > 1:213598/1‑151 (MQ=255) aGGTGCGCAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAgg < 2:484625/151‑1 (MQ=255) gcgcAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAGGTCg < 2:758415/150‑1 (MQ=255) cAGAAATAAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAGGTCGGGCt < 2:934639/151‑1 (MQ=255) | ATTTGTCATCATGGGATTATCCGGCTCGGGTAAATCCACAATGGTACGCCTTCTCAATCGCCTGATTGAACCCACCCGCGGGCAAGTGCTGATTGATGGTGTGGATATTGCCAAAATATCCGACGCCGAACTCCGTGAGGTGCGCAGAAA‑AAAGATTGCGATGGTCTTCCAGTCCTTTGCCTTAATGCCGCATATGACCGTGCTGGACAATACTGCGTTCGGTATGGAATTGGCCGGAATTAATGCCGAAGAACGCCGGGAAAAAGCCCTTGATGCACTGCGTCAGGTCGGGCT > NC_000913/2804982‑2805275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |