| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 45.3% | 82.2 / 11.7 | 54 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/8); new base C (0/24); total (21/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCAT > NC_000913/1376356‑1376648 | gCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAacac > 2:849631/1‑151 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTc < 2:590818/150‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCg < 2:981509/151‑1 (MQ=255) cgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGc > 2:772580/1‑151 (MQ=255) gccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGcc < 1:1078152/151‑1 (MQ=255) gATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGAt < 2:1031219/151‑1 (MQ=255) gATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGAt < 2:525769/151‑1 (MQ=255) aTGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATg < 1:681460/151‑1 (MQ=255) gACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGTAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGc < 2:929339/150‑1 (MQ=255) ccTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCccg < 2:980912/151‑1 (MQ=255) gcgTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTAc > 2:437992/1‑151 (MQ=255) ccgggACGGCGCCCGAAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCC‑GTGGTG‑TATCTCGACCCTTT‑AAC‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACAtc < 1:540788/145‑1 (MQ=255) ggCGACCGAAAAATGGTGAGTGATCCCCGGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCCCCGCGCGTACCGAACCC‑GTGTTG‑TATCTCGACCCTTT‑AAC‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGaaaa < 1:572991/149‑1 (MQ=255) aCCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt > 1:21432/1‑151 (MQ=255) cGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GGGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCt > 1:573522/1‑149 (MQ=255) gCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTa > 1:975607/1‑150 (MQ=255) ggTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGt > 1:1076250/1‑150 (MQ=255) gtgggtgaTCCTCGGCGCGTATTGGAA‑CAGTTCCCCGCGGGT‑CCGGAACC‑GGGGGGTTATCGCGACCCGTA‑AAC‑CCG‑CTATCGGAATAATATGACCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATg < 2:201612/148‑1 (MQ=255) gaTTCCCTGGGCTTACGGGAA‑CAGTTCGCCGCGCGTCCCGGACCG‑GGGGTG‑TTTCTCGACCCTTA‑AAC‑CCG‑CTATCAGAATCATATAATAACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGa < 1:763405/148‑1 (MQ=255) gaTTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTa < 2:1009534/151‑1 (MQ=255) ccTGCGCGTACTGGAA‑CGGGTCGCGGCGCGACCCGGACCC‑GTGGTG‑TTTCT‑GAACCCTTAAAA‑CCG‑TTATCAGGATCAAATGACCACCCCCCCCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGc < 1:57152/151‑1 (MQ=255) cTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCg > 1:1047986/1‑151 (MQ=255) gcgTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCACGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGAttt > 2:979371/1‑151 (MQ=255) atGGAACCAGGTCGCCGCGCG‑ACCCGAACCTGTGGTT‑TCTC‑CGGACCGTT‑AAACCCG‑CTATCAGGTTTATATAACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCt < 2:33269/148‑1 (MQ=255) tGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATc > 2:441219/1‑150 (MQ=255) gaaagaggcgcccgcGCGTGCCGGAACC‑GTGGTG‑TATCCCAAACCTTA‑AAC‑CCG‑TTATCAGGATAATATAATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATca < 2:530735/139‑1 (MQ=255) aa‑CGGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCG‑GTGGTG‑TATCTC‑AACCCTT‑AAACCCG‑CTATAAGAATAATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATc < 2:509027/147‑1 (MQ=255) aa‑CAGGCCGCCGCGCGTCCCGGAACG‑GGGGTT‑TATCTCGAACCTTT‑AAC‑CCG‑CTATCAGGATCATATAATAACCCCCCCCGCCGATCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACAt < 1:941725/151‑1 (MQ=255) aacgggcccccgcGCTTACCGGACCC‑GTGGTG‑TATCCAAAACCTTA‑AAC‑CCC‑CTATAAGGATCATATGATAACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATcaca < 2:687108/141‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCGCTTCCCGAAACG‑GTGTTG‑TCTCCCAACCCTTT‑AAC‑CCG‑CTATCAGTATAATATAACCACCCCCCCCCCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGa < 2:43370/149‑1 (MQ=255) ggTCGCCGCGCGTCCCGGACCG‑GTGGTG‑TCCCTC‑AACCCTT‑AAACCCG‑CTATCAGAATCATATAAACACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAat < 2:335120/151‑1 (MQ=255) cgccgcGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATc > 1:190494/1‑151 (MQ=255) gccgcGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACAACCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg > 1:912177/1‑151 (MQ=255) ccggGCGTACAGAAACG‑GTGGTT‑TACCTCCACCAGTT‑AAC‑CCG‑CTATCAGGACCATAAGAAAACCCCCCACGCCGTTCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAatat < 1:325434/148‑1 (MQ=255) ccgcGCTTCCCGGACCG‑GTGGTG‑TATCTCGACCCTTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCACCCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg < 1:26817/150‑1 (MQ=255) gcgcgTCCCGGACCG‑GTGGTT‑TATCTCAACCCGTA‑AAC‑CCC‑CTATCAGAATCATATGACCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaag < 1:429437/151‑1 (MQ=255) tACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCgaaga > 2:285324/1‑147 (MQ=255) accgggggtg‑TATC‑CCAACCCTT‑AAA‑CCGCCAACCAGAATAATAGAACCAACTCCCCCGCGGTTTCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCt < 2:735718/144‑1 (MQ=255) cc‑GTGGTA‑TATCTCGAACCGTT‑AAC‑CCC‑CTATCGGGATAATATGACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgc < 1:359549/151‑1 (MQ=255) cc‑GGGGTG‑TATCTCGACCCTTT‑AAC‑CCG‑CTATAAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg < 1:891280/150‑1 (MQ=255) cggtgttgtcccccGACCCGTA‑AAC‑CCG‑CTATCGGGATAAAATAACCACCCCCCCCGCCGAGGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTg < 2:84654/136‑1 (MQ=255) tgttg‑tATCTCGACCTTTT‑AAC‑CCG‑CTATCAGAATCATATCATCACCCCCCCCGCTAATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg < 2:766061/144‑1 (MQ=255) ggtt‑TATCTCGACCCGTT‑AAC‑CCG‑CTATCAGGATAATATGATCACCCCCCGCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAg < 1:306344/151‑1 (MQ=255) ggtg‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgcgc > 1:729156/1‑149 (MQ=255) tATCTCGACCCGTA‑AAC‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgcg < 1:1003955/150‑1 (MQ=255) tATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGgcgc > 2:1074025/1‑151 (MQ=255) aaCCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATg > 2:456177/1‑150 (MQ=255) aCCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGAc > 1:225441/1‑151 (MQ=255) aa‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACcgc > 2:743446/1‑150 (MQ=255) ccG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGAc > 1:369539/1‑151 (MQ=255) tATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGc > 1:56485/1‑151 (MQ=255) aGGATCATATAATCACCCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCgg < 2:768988/151‑1 (MQ=255) gATAATATGACCAACCCCCTCGCCGGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACGTGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCg < 2:345408/148‑1 (MQ=255) tGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGc > 1:339427/1‑150 (MQ=255) aTCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCat > 1:343829/1‑150 (MQ=255) | GCTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAA‑CAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTG‑TATCTCGAACCGTT‑AAA‑CCG‑CTATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCAT > NC_000913/1376356‑1376648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |