| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,749 | 0 | A | C | 48.9% | 48.6 / 13.2 | 48 | D164A (GAC→GCC) | tus | inhibitor of replication at Ter, DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/9); new base C (0/23); total (15/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGAAAACTGGA > NC_000913/1684601‑1684896 | cAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcc < 2:712101/151‑1 (MQ=255) aTAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACttt > 2:135716/1‑151 (MQ=255) tCGGGCATACCGTCACGGTTAAACCAAACCCCCCCCCC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGGGCATCGTCATTTCCCGGGGCTGATCCCCCTTAATTCTTACCGCACGCCCCCCGTTCTCCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTggg < 2:594827/147‑1 (MQ=255) cGAGCATATCGTCAGGGTTGAATCAGACCCCCCCCCC‑GCGGCACTTTTTGATTGGGTGCATCGTCTTTTGCGGGGGCTGATCCCCCTTAATGTTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCTGCCCGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat < 2:889822/151‑1 (MQ=255) atCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACat > 2:45890/1‑150 (MQ=255) cgtcggggTTGAAACAAACCCCCCCCGG‑GCGGCGCGTTTTGAAGGGGTGCATCGTCTTTGGCGGGGTCTAACCCCCCTTATTGCTTCCGGCGGGCCCACCGTCCTCAGGGTCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACat < 1:702337/142‑1 (MQ=255) cGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat > 1:626503/1‑150 (MQ=255) cGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATc > 2:12/1‑151 (MQ=255) gtcggggTGGAACCAGACCCCCCCCCC‑GCGGCACGTTTTGAAGGGGTGCATCGTCATTTGCGGGGGCTGACCCCCCTAAATGCTTCCCGCCCGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat < 2:918752/144‑1 (MQ=255) gcccgggTTAAATCAAACCCCCCCCCC‑GCGGCCCTTTTGAAATGGGTGCATCGTCTTTTGCGGGGGCTGACCCCCCTTATTGCTTCCCGCACGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCa < 1:305078/146‑1 (MQ=255) gTCAGGGTTGAACCAGACCCCCCCCCC‑GCGCCACTTTTTAATTGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGACCCCCTTTAATGCTTCCCGCCCCCCCACCGTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATc < 1:871081/150‑1 (MQ=255) cagggTTAAACCAGACCCCCCCCCC‑GCGCCCCTTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTGGCCGGGGCTGACCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCTCCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACa < 1:715798/141‑1 (MQ=255) cACGGTTGAACCAGACCCCCCCCCC‑GCGCCCCTTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCTCCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 2:859670/150‑1 (MQ=255) aCGGTTAAATCAGACCCCCCCCCC‑GCGCCTCTTTTTGAATGGGTGCCTCTTCTTTTGCGGGGGCTGACCCCCCTTATTTTTTCCCGCACGCTCACCGTTCCCCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCa < 1:231574/148‑1 (MQ=255) ggTTGAACAGGACCTCCCCCCC‑GGGGCCGTTTTTGAGGGGGTGCATCTTCTTTGGCCGGGGCGAATCCCCCTAAAGGCTACCCCCACGCTCCCCTTCCGCCGCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAg < 2:34530/151‑1 (MQ=255) tGAAACAAAACCCCCCCCCGGCGGCATTTTTTAAGTGGGTGCCTCTTCTTTTGCCGGGGCGGCCCCCCTTTAATTCTTCCCGCCCGCCCCCCTTTCTCCACACCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAtt < 1:346908/146‑1 (MQ=255) aataaaacccccccccC‑GCGGCATGTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCACGCTCCCCTTTCTCCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAtt < 2:896228/140‑1 (MQ=255) aaccaaacccccccccC‑GCGGCACTTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGACCCCCCTTATTGCTTACCGCCCGCCCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAttt < 1:166834/141‑1 (MQ=255) aaTCAGACCCCCCCGCC‑GCGGCACTTTTTGAAGGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGACCACCCTTATTGCTTCCCGCCCCCTCACCTTCCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAtt < 1:375910/150‑1 (MQ=255) tCAGAACTCCCCACC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTAc > 1:140383/1‑151 (MQ=255) cccACC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGtgatg > 1:123431/1‑151 (MQ=255) ccccccgggccggtttttGATTGGGTGTACCGTCTTTTCCGGGGGCTGACCCCCCTAATGGTTTCCCGCACGCTCACCGTCCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGtgatg < 2:12509/137‑1 (MQ=255) ccc‑GCGCCCCGTTTTGAATGGGTCCTTCGTCATTTGCGGGGGCTGTTCCCCCTTAATGCTCCCCGCCCACCCACTGTTCGCCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAg < 2:197074/150‑1 (MQ=255) c‑gcgGCCCGTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTGGCCGGGGCTGACCCCCCTTATTGCTTCCCGCGCGCTCCCCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTc < 1:233679/151‑1 (MQ=255) ggCACTTTTTGAATGGGTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGACCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCGCTCCCCGTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTg < 2:21961/151‑1 (MQ=255) aagggggGCTTCGTCTTTGGCGGGGGCTGTTCCCCCTTATTTCTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCTCCCCACCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTgg < 1:935206/147‑1 (MQ=255) aaggggTGCCCCTTCTTTTCCCGGGGCGATTCACCCTTATTGTTTGCCGGACGTCCCCTGTTCTCCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCt < 1:941331/145‑1 (MQ=255) gggTGCATCTTCTTTTGCCGGGGCTGATCCCCCTTATTCCTTCCCGCACGCTCCCCTTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGaaa < 1:370993/150‑1 (MQ=255) gggTGCATCGTCTTTTGCCGGGGCTGACCCCCTTTAATGCTTCCCGCCCGCTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGaaa < 1:303582/150‑1 (MQ=255) tttGCCGGGGCTGATCCCCCTTAATGCTTCCCGCCCCCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGaaa < 2:464447/148‑1 (MQ=255) ggggCTGATCCCCTTTAATGCTTCCCGCCCCCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATcacc < 2:772252/147‑1 (MQ=255) ggggCTGATCCCCCTTAATGCTTACCGCCCGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATcacca < 2:253773/148‑1 (MQ=255) ggccTGATCACCTTAAATCCCTCCCCCACGCTCCCCTTTCTCCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCa < 2:952455/148‑1 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAgtg > 1:55220/1‑151 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAgtg > 1:875590/1‑151 (MQ=255) gATCCCCCTTAATGCTTACCGCACGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAgtgt < 2:62121/150‑1 (MQ=255) aTCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCg > 2:563618/1‑151 (MQ=255) cACCCTTAATCCTTCCCGCACGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTc < 1:58188/148‑1 (MQ=255) aTGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGAc > 2:644960/1‑151 (MQ=255) ttACCGCCCGCTCCCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGAcg < 2:197518/148‑1 (MQ=255) cTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTgg < 2:221759/150‑1 (MQ=255) cTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGc > 1:478067/1‑151 (MQ=255) cTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGc > 1:881402/1‑151 (MQ=255) tCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGc > 2:868761/1‑150 (MQ=255) ccccGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGt < 2:806977/144‑1 (MQ=255) cACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACAACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGc > 1:141767/1‑149 (MQ=255) gTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGa > 1:831883/1‑150 (MQ=255) cACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGAAAACTg < 1:458859/150‑1 (MQ=255) aCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGAAAACTGGa < 2:443733/148‑1 (MQ=255) | CAGCACATCAATAAACTCAAGACCACGTTCGAGCATATCGTCACGGTTGAATCAGAACTCCCCACC‑GCGGCACGTTTTGAATGGGTGCATCGTCATTTGCCGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAATTTACATCGTGATGAAGTCCTGGCACAGCTGGAAAAAAGCCTGAAATCACCACGCAGTGTCGCACCGTGGACGCGCGAGGAGTGGCAAAGAAAACTGGA > NC_000913/1684601‑1684896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |