| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,911 | 0 | G | A | 42.2% | 76.9 / 35.3 | 64 | intergenic (‑122/+199) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/4); new base A (0/27); total (33/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCAT > NC_000913/2001767‑2002061 | tCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGaaaa < 1:541036/149‑1 (MQ=255) cAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGaaaaaaa < 1:684941/151‑1 (MQ=255) gCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAAcc < 1:423552/151‑1 (MQ=255) gTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCccg > 1:1003292/1‑151 (MQ=255) tataGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCccgc > 2:359830/1‑151 (MQ=255) taGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCccgccg > 1:340480/1‑151 (MQ=255) gagTGAATTCACGATAAACAGCCCGGCGTTATATGAGTTATCGGCAGGATTATCC‑GTTTCTGCGGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTA‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATC‑CCAGGCAAAAAAAAACCccgccg < 1:989264/149‑1 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCgg > 1:890886/1‑151 (MQ=255) 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aGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCt > 2:802218/1‑151 (MQ=255) gctttATATGATTTATCGGCATGATTATCC‑TTTTCGGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGGGGGTTTATTG‑GGGGT‑TT‑ACAGGTAAATC‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACa < 2:256404/146‑1 (MQ=255) ttATATGATTTACCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCGGGTTTTTTAATCGGACGTTTAGTGGGTG‑AAAGGAGGGTTTATTG‑GGGGG‑TT‑ACAGGAAAATT‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACaa < 2:137805/147‑1 (MQ=255) ttATAGGAGTTATCGGCATGATTTTCC‑GTTTCTGCAGGTTTTTTAATCGGACGATTAGGGGGTG‑AAAGGAGGGTTTTTTG‑GGGGG‑TT‑AAAGTAAAATT‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAt < 1:1007904/149‑1 (MQ=255) tataTGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTg > 1:851698/1‑150 (MQ=255) gAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt > 1:352575/1‑151 (MQ=255) gTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTAt > 2:395200/1‑151 (MQ=255) ttATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATg > 2:478700/1‑151 (MQ=255) tATCGGGAATATTTTCCGGTTTCTG‑AAGGTTTTTAAGTGGGAGATTTGGGGGTGAAAAGGAGGGTTTTTTG‑GGGGG‑TT‑GAAGGTAATTT‑CGGGCCAAAAAAAACCGCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTAt < 2:197641/150‑1 (MQ=255) tATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGt > 1:430484/1‑151 (MQ=255) tCGTCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTCGTGGGCG‑AAGTGAGGGGTTATTT‑GGGTG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAACACGTTGCTGGCAAATTCCGCTTTATGt > 1:740289/1‑149 (MQ=255) cATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCgg > 2:593709/1‑151 (MQ=255) c‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGt > 1:843979/1‑150 (MQ=255) tttCTGAGGGTTTTTTAATGGGACGATTGGGGGGAA‑AAATGAGGGTTTATTG‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTa < 2:470826/149‑1 (MQ=255) gCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCt > 1:185605/1‑151 (MQ=255) aGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 2:550069/1‑150 (MQ=255) aGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 2:514562/1‑150 (MQ=255) gttttttAATCGGACGATTAGGGGGTA‑AAATGAGGGGTTATTG‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATc < 2:10128/149‑1 (MQ=255) ttttAATCGGACATTTAGTGGGTA‑AAATG‑GGGGTTTTTT‑GGGGGTTT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg < 2:496650/150‑1 (MQ=38) aaTCGGACGATTGGTGGGGG‑AAATGGGGGTTTATTG‑GGGGG‑TT‑ACAGGAAAATC‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGcc < 2:646755/149‑1 (MQ=38) aTCGGACGTTTAGTGGGTG‑AAA‑GGGGGGTTTTTT‑GGGGGTTT‑AAGGGTAAATT‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTAc < 2:694544/151‑1 (MQ=37) tCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTAc > 1:1014840/1‑150 (MQ=255) gATTAGTGGGTG‑AAATGGGGGGTTATTT‑GGGGG‑TA‑ACAGGTAAATC‑CCGGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAAt < 2:542140/150‑1 (MQ=38) gttaaaaGGAGGGTTTTTTG‑GGGGG‑TT‑CAAGTTAAATC‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAAtt < 2:313537/147‑1 (MQ=25) gggtaaagggggggTTTTTT‑TGGGG‑TTGACATTAAAATC‑CCGGGCAAAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCaaa < 1:898497/140‑1 (MQ=25) g‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCa > 2:798119/1‑150 (MQ=255) aaaTGGGGGTTTATTG‑GGGGT‑TT‑AAAGTTAAATC‑CCAGGAAAAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTc < 2:112626/148‑1 (MQ=37) aTGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATa > 2:267544/1‑150 (MQ=255) tGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATaa > 2:723511/1‑150 (MQ=255) gggggTTTTTTGGGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATaa < 2:664322/148‑1 (MQ=37) gggtTTATTG‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATC‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATaaa < 2:525827/148‑1 (MQ=255) ggggTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTg > 2:618126/1‑151 (MQ=255) ggttttttt‑GGGGT‑TA‑AAAGGTAATTT‑CCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGc < 1:838527/145‑1 (MQ=25) gggTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGc > 1:49630/1‑151 (MQ=255) ggTTTTTTGGGGGG‑TT‑AAAGTGAAATT‑CCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGc < 2:280283/151‑1 (MQ=25) 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gTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg > 1:1031363/1‑150 (MQ=255) tAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGAt > 2:727851/1‑151 (MQ=255) gaaaTTCCCAGGAAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg < 1:496035/149‑1 (MQ=255) tt‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagc > 2:504127/1‑151 (MQ=255) t‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcg > 2:524495/1‑151 (MQ=255) ccAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagc < 2:890915/149‑1 (MQ=255) cAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgc > 1:137750/1‑150 (MQ=255) aGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgc > 2:415783/1‑149 (MQ=255) aGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgc > 1:619792/1‑149 (MQ=255) ggCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgca < 1:388372/149‑1 (MQ=255) gCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAagcgcagcg > 1:720741/1‑151 (MQ=255) gAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCAt > 1:109139/1‑151 (MQ=255) | TCAGCGGTATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCC‑GTTTCTGCAGGGTTTTTAATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTT‑GGGGG‑TT‑ACAGGTAAATT‑CCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCAT > NC_000913/2001767‑2002061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |