| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,378,802 | 0 | A | C | 42.6% | 118.3 / 19.0 | 68 | V48G (GTA→GGA) | ampC | penicillin‑binding protein; beta‑lactamase, intrinsically weak |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/2); new base C (0/29); total (37/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCTG > NC_000913/4378658‑4378952 | cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑a‑ccgcc < 2:513656/150‑1 (MQ=255)cGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑a‑ccgc < 1:480145/149‑1 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑a‑ccgccac > 1:664239/1‑151 (MQ=255) gAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑a‑ccgccac > 1:1248232/1‑151 (MQ=255) gCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑a‑ccgccaccg > 1:470753/1‑151 (MQ=255) cAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑a‑ccgccaccgc > 2:1421082/1‑151 (MQ=255) aGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCAt > 2:918562/1‑150 (MQ=255) aGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCAt > 1:493411/1‑150 (MQ=255) ccaAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCt > 2:1325856/1‑151 (MQ=255) ccaACCCCGCCAGAAATTGTTTTGCTCCCCAATCCAAACTCAAACAAGTTTTGCTGTGTGAGGGGTTGTTTTTGGG‑CGA‑TGCCCGCATACCCCAAGAA‑AAA‑GAAATATGTTTTCCCGT‑AATAAA‑TT‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATc < 1:305522/150‑1 (MQ=255) cACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACACGGGATCTTttgt > 2:694972/1‑151 (MQ=255) aCGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgtt > 2:475731/1‑151 (MQ=255) cGCCAGTAAATTTTTTGCTGACCGAACCTAACTAAAACAACGTTTGCTGTGTGAGGGGCTGTTTTTGGG‑CGA‑TGCCCGCATACCCCCAGTA‑AAA‑GTAATAGGGTTTCCCCT‑AATAAA‑TT‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgttg < 1:704657/151‑1 (MQ=255) gCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGc > 2:485619/1‑151 (MQ=255) ccATTAAGTGTTTGGTGGCCCAAACCAAACCCAAAAATGGTTTGTTGTGGGAGGGTCTTTTTTTGGG‑CGA‑TGCCCCCCCAGCCCAAGGA‑AAA‑ATAAAAGGGTTTCCCAA‑GAAAAT‑TC‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCt < 2:268391/142‑1 (MQ=255) caattAATTGTTTTGCTGCCCGACCCTACCTAAAACATCTTTTGCTGTGTGGGGGGTTTTTTTTGGG‑CGA‑TGTCCGCATACCCCAGGGA‑AAA‑GAAATAGGGTTTCCCTT‑AAAAAT‑TT‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGct < 1:1242584/147‑1 (MQ=255) aGTAATTTTTTGGCTGACCGACCCTACCTAAAACACCTTTTGCTGGGTGGCGGGCTGTTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATA‑CCCCAGGTAAAA‑GTAAAAAGTTTTCCCCT‑GAAAAT‑TC‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTttgtt < 1:481326/146‑1 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 2:675946/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtat > 1:848505/1‑150 (MQ=255) aaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtata > 1:813280/1‑150 (MQ=255) aaTGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCtata > 2:645598/1‑150 (MQ=255) ttttGCGGCCCAAACCTACCACAAACAACGTTTGTTGTGTGCCGGGCTTTTTTTGGG‑CGA‑TCCCCGAATAGCCCAAGTA‑AAA‑GTAATAAGTTTTCCCTT‑AAAAAT‑TT‑C‑CCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCg < 1:1236449/150‑1 (MQ=255) tttgGCTGACCAAACCAACCCCAACAAACGTTTGTTGTGTGACGGGCTTTTTTTTGG‑CGA‑TGCCCCCACACCCCCAGAA‑AAA‑GTAATAAGTTTTCCCTT‑AAAAAA‑TT‑C‑CCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGc < 2:36369/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGAACCTACCTAAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGTTTTTTTTGGG‑CGT‑TGCCCGCATACCCCCAGGA‑AAA‑GAAAAAGGTTTTCCCCT‑AAAAAA‑TT‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTa < 1:461555/150‑1 (MQ=255) tGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAt > 2:884076/1‑151 (MQ=255) tGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAAt > 1:987547/1‑151 (MQ=255) gAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc > 1:1056126/1‑151 (MQ=255) gAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc > 1:1401366/1‑151 (MQ=255) aCCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCg > 2:1261243/1‑150 (MQ=255) tAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 1:218422/1‑151 (MQ=255) tAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 1:40936/1‑151 (MQ=255) aaCTCAAACACCGTTTGCGGTGTGACGGGTTGTTTTTTGG‑CGA‑TGCCCGCACACCCCCGGGA‑AAA‑TTAAT‑AGGTTTTCCCTAAAAAAA‑TT‑C‑CCGCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc < 2:35462/150‑1 (MQ=255) aaCTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc > 2:383415/1‑150 (MQ=255) acaaaaccacggTTTGTTGTGTGAGGGGCTGTTTTTTGG‑CGA‑TGCCCCCATCGCCCAGGGA‑AAA‑GAAAAAAGTTTTCCCCT‑AAAAAT‑TC‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGca < 2:619440/139‑1 (MQ=255) ctaaaaCAACGTTTGCTGTGTGGGGGGTTTTTTTTGGG‑CGA‑TGCCCGCACACCCCCA‑GT‑AAA‑AAAAAAATGTTTTCCAG‑AAAAAATTT‑C‑CCCCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGca < 2:1199858/146‑1 (MQ=255) aaaCAACGTTTGCTGTGGGCCGGGCTGTTTTTTGG‑CGA‑TGTCCCCATACCCCCAGGA‑AAA‑GAAATAAGTTTCCCCTT‑AAAAAA‑TT‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca < 1:331136/148‑1 (MQ=255) gTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTg > 2:509188/1‑150 (MQ=255) tttctggggggaggggCTGTTTTTGGG‑GGA‑TGCCCCAATACCCCAAGAA‑AAA‑GTAA‑AAAGTTTTCCCT‑TAAAAA‑TT‑ACCCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGtt < 1:347561/135‑1 (MQ=255) tttGTTGTGGGACGGGCTGTTTTTGGG‑CGT‑TGTCCCCATACCCCCAGAA‑AAA‑TTAATAAGTTTTCCCTT‑AAAAAA‑TT‑C‑CCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTg < 2:1429019/149‑1 (MQ=255) ttGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAtt > 2:1230179/1‑151 (MQ=255) tgttgtgtgAGGGGCTTTTTTTTGG‑CGT‑TGTCCGCATCCCCCAAGAA‑AAA‑GAAAAAAGTTTCCCCTT‑AAAAAA‑TT‑C‑CCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAtt < 1:1291855/147‑1 (MQ=255) tgttgggggaggggTGTTTTTTGG‑GGTTTGTCCGCAGAGCCCAGAGA‑AAA‑GTAAT‑AGTTTTCCCCT‑TAAAAA‑TTCC‑CCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAt < 2:1394155/139‑1 (MQ=255) gtgtgACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg > 2:641111/1‑151 (MQ=255) gtggggggttttttttgGG‑GGA‑TGCCCACATCCCCCCAGAA‑AAT‑GTATTTAGTTTTCCCGT‑AAAAAT‑TT‑C‑CCGCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAttt < 2:806637/133‑1 (MQ=255) ggCTTCTTTTTGGCCGT‑TCTCCACATACCCCGAGAA‑AAA‑GTAAAGAGTTTTCCTCG‑AATAAT‑TC‑A‑CCCCTACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAt < 1:1448375/138‑1 (MQ=255) ttttGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtg > 2:468017/1‑150 (MQ=255) tttGT‑CGT‑TGTCCCCACA‑CCCCAGGG‑AAATGTAATAAGTTTTCCCCT‑AATAAA‑TT‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtgt < 2:50895/150‑1 (MQ=255) tttGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtgtg > 2:436311/1‑151 (MQ=255) tttGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAAtgtg > 1:797500/1‑151 (MQ=255) gg‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTgg > 1:717054/1‑149 (MQ=255) gg‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTgg > 1:536197/1‑149 (MQ=255) gagccccGCATACCCCCAGGA‑AAA‑GTAATAGGTTTTACCTT‑AAAAAA‑TT‑C‑CCGCAACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTgg < 1:959159/141‑1 (MQ=255) cgatccccccacaccccAGGGAAAA‑GAAAAAAGTTTTCCCCT‑GAAAAT‑TC‑C‑CCGCCGCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGc < 2:746843/137‑1 (MQ=255) ccGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGc > 1:891984/1‑151 (MQ=255) atccccccAGAA‑AAA‑AAAATAAGTTTTCCCCT‑AAAAAA‑TT‑C‑CCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCgg < 1:186016/145‑1 (MQ=255) gCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaatt > 1:406760/1‑151 (MQ=255) gCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaatt > 1:1010776/1‑151 (MQ=255) ccccAGTA‑AAA‑GTAA‑AATGTTTTCCCTAAAAAAA‑TC‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGta < 2:343184/147‑1 (MQ=255) ccccAGAA‑AAA‑GAAAAAAGTTTTCCCTT‑AATAAT‑TC‑C‑CCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGta < 1:918585/147‑1 (MQ=255) ccgcgggaaaataaataaGTTTGCCCTT‑GATAAA‑TT‑C‑CCGCCGCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaatt < 2:540640/137‑1 (MQ=255) agtt‑AAA‑TTAATAGGTTTCCCCCT‑AATAAA‑TC‑C‑CCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaa < 1:672210/141‑1 (MQ=255) aGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGtaattaat > 1:1371817/1‑149 (MQ=255) aaataaaaaGGTTTTCCCT‑TAAAAA‑TTCC‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGgc < 1:593871/147‑1 (MQ=255) aGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGcgtc > 2:1393329/1‑151 (MQ=255) ttACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAACGTCGttt > 2:601984/1‑151 (MQ=255) ccccT‑AAAAAA‑TC‑C‑CCCCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGtttt < 1:160370/149‑1 (MQ=255) gATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACa > 2:1040788/1‑150 (MQ=255) aTAAT‑TT‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGttt < 2:17827/143‑1 (MQ=255) aTAAA‑TT‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACa < 1:444466/149‑1 (MQ=255) aaa‑TT‑C‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACa < 1:645607/147‑1 (MQ=255) a‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGTAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGt > 1:1433421/1‑151 (MQ=255) a‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAggg > 1:776071/1‑150 (MQ=255) a‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAggg > 2:1339332/1‑150 (MQ=255) t‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCt > 2:425859/1‑151 (MQ=255) a‑ccgccaccgccATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCTg > 2:216855/1‑151 (MQ=255) a‑ccgccaccgccATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGGTTTGAACATAGGGTCt > 2:475895/1‑150 (MQ=255) | CGAGCAATAGCGTCGCCACCAAGCACGCCAGTAAATGTTTTGCTGACCGAACCTAACTCAAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGG‑CGA‑TGTCCGCATAGCCCCAGGT‑AAA‑GTAATAAGGTTTACCCT‑GATAAA‑TT‑A‑CCGCCACCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCAAATGTGGAGCAAGAGGCGGTAATTAATAAGGCGCAGAGCGTCGTTTTGAACATAGGGTCTG > NC_000913/4378658‑4378952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |