| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 45.6% | 103.1 / 24.1 | 79 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/14); new base C (0/36); total (29/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTC > NC_000913/801969‑802265 | tAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTaaaa < 1:780380/150‑1 (MQ=255)tAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAa‑c > 2:513718/1‑151 (MQ=255) aaGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAa‑cc < 1:1451392/151‑1 (MQ=255) cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAa‑cc‑acc < 2:976839/151‑1 (MQ=255) gAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑Accg < 1:679968/151‑1 (MQ=255) aaCTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑Accgc > 2:1338013/1‑151 (MQ=255) cgggCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑Accgccg < 1:849438/149‑1 (MQ=255) tGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGt > 1:538370/1‑151 (MQ=255) tGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGt > 1:554274/1‑151 (MQ=255) gggTGCTTTTGGGTATTTCCCTGGCGGCAATTGTGGGGCTGTTTATCAACCTTTTCCGGGACCCTG‑TCGTCTTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAAGGGGGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTaa < 1:415296/150‑1 (MQ=255) tttttGTTATTTCCCTGGCGGCCTTTGGGGGGCTGTTTATCAACCTTTCCCCGGACCCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGGGGTCGGTAAT‑TTATCCGA‑CGGTGCTTTAAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGtt < 1:785437/150‑1 (MQ=255) ttttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTAc > 1:725451/1‑151 (MQ=255) ttGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTActc > 2:1019878/1‑151 (MQ=255) aTTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc > 1:446511/1‑149 (MQ=255) tttACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAgg > 2:955181/1‑151 (MQ=255) aCCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac > 1:17572/1‑151 (MQ=255) cctggggttcttgggggggTTGGTTATCATTCCTTTCGCGG‑ACCTGTTCGTACTGGTAATTGCGGTTGCTCCCTAATTGGTGGGGGTGTTTAAC‑TTCCCGGG‑CGGTGCTTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacc < 1:1105645/136‑1 (MQ=255) ccTGGCGGCCATTGGGGGGCTGTTTATCAAGCTTTCCCCGGACCCTG‑TCGTACTTTTATTTCCCGTTGCTGCCTCATTGGTGGTGTTCGGTAAT‑TTATCCGC‑GGGTGCGTTAAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacc < 1:826293/151‑1 (MQ=255) ccTGGCGGCCATTGGGGGGCTGGTTATAAAGCTTTCCCGGGACCCTG‑TCGTACTGTAAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGA‑CGGTGCTTTAAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacc < 2:1162824/151‑1 (MQ=255) tGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccac > 2:994447/1‑151 (MQ=255) tGGCGGCAATTGTGGGGCTGGTTAAAAAGCTTTTCCCGCAGCTGG‑TGGTTTTGTAATTTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGGGGCAGTTAAC‑TATTCCGT‑GGTGGGGTTCAAAC‑CC‑CCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTac < 2:438079/148‑1 (MQ=255) ggcggcCTTTGTGGGGCTGTTTATCAACCTTTTCCCGAACCCTG‑TCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTCCCCCAATGGTGGTGGTGGGTAAT‑TTACCCGA‑CGGTGCTTTAAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTacca < 1:765007/149‑1 (MQ=255) ggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctgg > 1:366635/1‑151 (MQ=255) ggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctgg > 1:228309/1‑151 (MQ=255) cctttGTGGGGCTGTTTATCAAGCTTTTCCCGGACCCTG‑TCGTACTTTTATTGGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTATC‑TTACCCGC‑GGGTGCTTTAAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctg < 1:165360/145‑1 (MQ=255) cctttGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTTTTTTTAATTGCCTTTGCTGCCTAAATGGGGGTGGTCGGTAAT‑TTATCCGC‑CGGTGCGTTAAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctg < 1:600702/145‑1 (MQ=255) tgtgGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtg > 1:22215/1‑151 (MQ=255) tgtgGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtg > 2:826269/1‑151 (MQ=255) tgtgGGCCTGGTTATCAACCTTTTCCCGGACCCTT‑TCTTACTGTTAATTCCATTTGCTGCCTAAAGGGGGGTGTCCGTTACC‑TTATCCGG‑GGGTGGTTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgt < 2:738112/150‑1 (MQ=255) gtgGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGgtgt > 2:767699/1‑151 (MQ=255) tgGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGtt > 1:1254797/1‑151 (MQ=255) ggCTGGTTATAAAGCCTTTCCCGGAGCCTA‑TCTTATTATTATTTGCCTTTGCTGCCTCAGTGGGGTTGGT‑GGTAACTTTATCCGA‑GGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc < 2:1296175/151‑1 (MQ=255) gtttATCAAGCCTTTCCCGGACCCTG‑TCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTACT‑TTATCCGC‑CGGTGCTTTTAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCg < 2:377208/146‑1 (MQ=255) 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tttCCCGGACCCTG‑TCGTACTTTTAATTGCCGTGGCTCCCTAAATGTGGGGGGTCGGTAAT‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTAAAAC‑CC‑TCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCtt < 1:1057047/147‑1 (MQ=255) ttccccGGACCCTG‑TCGTACTTTTATTTGCCGTTGCTCCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGA‑CGGTGCGTTTAAAA‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCtt < 1:792028/144‑1 (MQ=255) ttCCCGGACCCTG‑TCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGGGGTGGTCGGTAAC‑TTACCCGA‑CGGTGCTTTTAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAg < 2:912130/149‑1 (MQ=255) tccccGGACCCTG‑TCGTACTTTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAAC‑TTATCCGA‑CGGTGCGTTTAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTaa < 2:886600/146‑1 (MQ=255) cccGGACCTTG‑TCTTATTTTTATTTGCCTTTGCTCCCTCAAGGTTGGTGGTGGGTAAT‑TTTTCCGA‑GGGTGTTTTTAAAC‑CC‑ACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgcc < 1:838147/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |