| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,376,505 | 0 | A | C | 41.6% | 140.4 / 14.4 | 79 | T158P (ACC→CCC) | ycjR | putative TIM alpha/beta barrel enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/11); new base C (0/32); total (34/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCAT > NC_000913/1376357‑1376648 | cTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAaca < 1:1338453/149‑1 (MQ=255) ttACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACAcc < 1:1166869/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCt < 1:1527619/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTc < 1:492963/151‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCg < 1:907595/151‑1 (MQ=255) ccgccgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCg > 1:643711/1‑151 (MQ=255) cgATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCg > 1:1528176/1‑150 (MQ=255) gACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGc < 2:173503/150‑1 (MQ=255) aCCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGccc > 1:1213697/1‑151 (MQ=255) ccTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCccg < 2:952010/151‑1 (MQ=255) ccTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCccg < 1:458946/151‑1 (MQ=255) ccTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCACTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGccc < 1:258499/150‑1 (MQ=255) ccTCGCCGCGTAGCCGGGGCGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGcc < 1:1009747/149‑1 (MQ=255) cgccgcGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCccgc < 1:1164025/149‑1 (MQ=255) ccgcGTGGCCTGGACGGCGAGCGAAAAATGGGGAGTGATCCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGGGTACCGGACCG‑GTGGTGTACCTC‑GACCCTTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATAGGCTCACCGCCCTCGCCGAGGCccgccg < 1:440144/149‑1 (MQ=255) gTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAt > 2:444113/1‑151 (MQ=255) gCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgt > 2:1437435/1‑151 (MQ=255) ccTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACAtcgtc > 1:196718/1‑151 (MQ=255) 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gCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTa > 2:1163396/1‑150 (MQ=255) aaaaGGGTGAGTGATCCCGTGCGTGTACGGAAACGGGCCGCCGCGCGT‑CCGGAACC‑GGGGT‑TTTCTCGGAACCCTTAAACCCGC‑TAACGGAATAATATGAACAACCCCCCCGCCGAGCCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTaa < 1:1190343/149‑1 (MQ=255) aaaTGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAAc > 1:477785/1‑150 (MQ=255) ggTGAGTGTTCCCCTGCGCGTCCGGAAACGGGTCCCCGCCCGTCCGGGACCG‑GTGTTTTTTCAC‑GACCCTTAAAC‑CCGC‑TATCAGAATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGt < 1:1293886/150‑1 (MQ=255) ggTGAGTGTTCCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTCCCGGACCC‑GTGGTTTATCCC‑GACCCGTAAAC‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGt < 2:282927/150‑1 (MQ=255) tgagtgaTTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTAc > 1:987171/1‑150 (MQ=255) gagttaTCCCCGGCGCGTACGGGAACAGGTCCCCCCGCGTCCCGGAACC‑GTGTTTTTTCTC‑GAACCTTTAAC‑CCCC‑TATAAGGATAATATGATAAACCCCCTCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACa < 2:452263/150‑1 (MQ=255) gagtgtTCCCCTGCGGGTAGGGCAACGGGTCGCCGCGCATACCGGACCG‑GGGGTTTATCTG‑AAACCTTAAAC‑CCGC‑TACAGGGATAATATGACCAACCCCCTCGCCGGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAg < 2:1179447/151‑1 (MQ=255) tgaTTCCCTGCGCGTACTGAAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGACCC‑GGGGTGTATCTC‑GACCCTTTAAC‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAg < 2:774057/148‑1 (MQ=255) cccTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCgg > 1:707788/1‑151 (MQ=255) 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gaaaCAGGTCGCCGCGCTTCCCGGACCC‑GTGGTGTATCTC‑GACCCGTTAAC‑CCGC‑TATAGGGATAATATGATCAACCCCCCCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTa < 2:292641/145‑1 (MQ=255) aCAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATg > 2:262111/1‑151 (MQ=255) cgccgcGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATc > 2:642335/1‑151 (MQ=255) cgccgcGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATc > 2:353651/1‑151 (MQ=255) gccgcGCGTACCGGAACC‑GTGGGGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCg > 1:232534/1‑151 (MQ=255) 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accc‑GGGGTGTTTCCC‑GACCCTTAAAC‑CCGC‑TATCAGAATCATATGAAAAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTg < 2:1129409/149‑1 (MQ=255) ccggtggttTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCTTATTACCAACCCCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTgg < 2:570380/148‑1 (MQ=255) cc‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGgc > 2:759858/1‑151 (MQ=255) cggtggttTATCTC‑AAACCTTTAAA‑CCGC‑TATCAGAATCATATGACCACCCCCCTCGCCGGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCt < 2:1004705/146‑1 (MQ=255) tgtACCTG‑GAACCTTTAAC‑CCAT‑TAAAAGTGTCAAATGACCACCTCCCCCGCCGGTGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCa < 2:122978/148‑1 (MQ=255) 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aataaaCCCCCTCGCGGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCAtgtga < 2:53083/145‑2 (MQ=255) aTCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGTAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCat > 1:1436973/1‑150 (MQ=255) | CTTACCGCCGATGACCTCGCCGCGTAGCCTGGACGGCGACCGCAAAATGGTGAGTGATTCCCTGCGCGTACTGGAACAGGTCGCCGCGCGTACCGGAACC‑GTGGTGTATCTC‑GAACCGTTAAA‑CCGC‑TATCAGGATCATATGATCAACACCCTCGCCGATGCCCGCCGTTACATCGTCGAAAACGATCTTAAACATGTACAGATTATCGGCGATTTCTATCACATGAATATCGAAGAAGATAACCTGGCGCAGGCGCTGCATGACAACCGCGACCTGCTCGGTCATGTGCAT > NC_000913/1376357‑1376648 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |