| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,785 | 0 | T | A | 41.0% | 147.8 / 52.1 | 95 | intergenic (‑399/+149) | sufA/ydiH | Fe‑S cluster assembly protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/11); new base A (0/39); total (45/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.56e-17 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGG > NC_000913/1764635‑1764932 | tttAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCAt > 1:1290002/1‑151 (MQ=255) ttAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCAt < 1:1039003/150‑1 (MQ=255) tAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATa > 1:521120/1‑150 (MQ=255) tAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATa > 2:1096808/1‑150 (MQ=255) tAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATa > 2:590574/1‑150 (MQ=255) tAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATa > 2:718298/1‑150 (MQ=255) aaGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATaaa < 1:1174468/151‑1 (MQ=255) agagATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATaa > 2:1192447/1‑149 (MQ=255) agagATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAg < 2:540042/151‑1 (MQ=255) gagaTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGc < 1:1303813/151‑1 (MQ=255) agaTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGc < 1:1033770/150‑1 (MQ=255) agaTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCt < 1:879461/151‑1 (MQ=255) agaTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCt > 1:1226481/1‑151 (MQ=255) gaTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTa < 2:479469/151‑1 (MQ=255) gaTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTa < 1:1199594/151‑1 (MQ=255) aGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAAcc > 2:1532003/1‑151 (MQ=255) ggTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAAccc < 1:936826/151‑1 (MQ=255) gTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACccg < 2:734530/151‑1 (MQ=255) aaGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGttt > 1:102336/1‑151 (MQ=255) tGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTa > 2:1561344/1‑150 (MQ=255) tGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTa > 1:743524/1‑150 (MQ=255) gCAGCGTTCAGAAAAAAAAAACCCTTTAGGTCTGGCCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTC‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCATTCTCAGTGGCTTCGCTTTTGAAGGGGCGATAAAAATAATCTCAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAac < 2:1066617/151‑1 (MQ=255) aGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATCATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAacac > 1:464957/1‑151 (MQ=255) 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ttAAGTCTGTGCCCCACAGGCTGAGG‑GT‑TTTCTC‑CCCCCTCCGGCGTTTCTCTCCGCCCCTCTCAGTGTCTTGGCTTTTAAAGGGGCGAAAAAAATAATCACAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGtatta < 1:959243/146‑1 (MQ=255) aaGTCTGTGCGACACAGGTTTAGG‑GT‑TTTCTC‑CCCCTTCGGGCGTTTTTCTCCGGCACTCTAAGTGGCTTAGTTCTTGAAGGGGCGAAAAAAATAATCTAAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGa < 2:148436/151‑1 (MQ=255) agccTGGGCGCCACAGGCTTAGG‑GT‑TTTCCC‑CCCCATCCGGCCTTTACCCCCGCCCCTCTCGGGGGCTTAGCTTTTAAAGGGGAAATAAAAATAATTTCAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTg < 1:62866/146‑1 (MQ=255) aGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGa > 2:1481789/1‑150 (MQ=255) cTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACa > 1:616008/1‑150 (MQ=255) 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tGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGc > 1:671575/1‑151 (MQ=255) aaGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCg > 1:475729/1‑150 (MQ=255) ggggCGAAAAAAAAAATCTAAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAAc < 1:1328043/151‑1 (MQ=255) ggggCAAAAAAAAAAATCTAAAAAAGCAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCg < 2:817729/148‑1 (MQ=255) cGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGc > 2:1262864/1‑151 (MQ=255) gATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCg > 2:1492874/1‑151 (MQ=255) aaaaaaataatCTCAAAAAGCAACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCgg < 2:1014256/146‑1 (MQ=255) aaaaGAATAATCTAAAAAAGCAAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCgg < 2:689117/149‑1 (MQ=255) tAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGc > 1:1206408/1‑151 (MQ=255) aaaaataatCTAAAAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCgg < 1:1479977/146‑1 (MQ=255) aaaataatCTCAAAAACCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCAt < 2:5527/149‑1 (MQ=255) aaaaatCTCAAAAAGCTACCCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTa < 2:448395/148‑1 (MQ=255) tcATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAgg > 1:390782/1‑151 (MQ=255) cATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAgg > 1:1013780/1‑150 (MQ=255) | TTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAAG‑GG‑TTTCTA‑CCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGG > NC_000913/1764635‑1764932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |