| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,270,455 | 0 | G | T | 40.5% | 115.2 / 38.0 | 79 | intergenic (+853/+170) | yhaC/garK | pentapetide repeats‑related protein/glycerate kinase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/38); new base T (32/0); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
CAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTAT > NC_000913/3270308‑3270604 | cAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGctc < 2:1217857/151‑1 (MQ=255)cAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGctc < 2:457163/151‑1 (MQ=255) gggCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCAGCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGta < 1:127181/151‑2 (MQ=255) ggCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTg < 2:1445970/151‑1 (MQ=255) gCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGGGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCAACCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTggcct > 1:1026388/1‑140 (MQ=255) ccGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCtttt > 2:760872/1‑148 (MQ=255) aCCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCttttttac > 2:1141570/1‑144 (MQ=255) aCCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑g < 2:103154/150‑1 (MQ=255) ccTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTGttttccttg > 2:1307686/1‑143 (MQ=255) cTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCtttttccc > 2:1209094/1‑142 (MQ=255) cTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGccc > 1:732097/1‑144 (MQ=255) cTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGAGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑c > 1:152133/1‑151 (MQ=255) tATGAGCCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑c < 2:221993/149‑1 (MQ=255) tATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑c < 1:363088/149‑1 (MQ=255) aaCCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGt < 1:983851/151‑1 (MQ=255) aaCCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGt < 2:1290451/151‑1 (MQ=255) aCCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGtt < 2:987073/151‑1 (MQ=255) ccccTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGttt < 2:234278/151‑1 (MQ=255) cTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTGTTGCCCT‑GGG‑C‑GT‑GGGgtt > 2:1161022/1‑148 (MQ=255) tATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTTCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGGTTtccc > 2:306985/1‑151 (MQ=255) aTTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTGTTTCACC‑GGT‑C‑GT‑GGGGTTccccc > 2:195351/1‑151 (MQ=255) tttGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTGCCTCTCTTTGCCT‑CGT‑G‑GT‑GGGGGTcccccc > 1:1344919/1‑151 (MQ=255) ggCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCa < 2:1542271/150‑1 (MQ=255) gCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGCTTTCTCGCCCCTGCGCT‑GCT‑C‑AT‑GGGTTTtcccccc > 1:258916/1‑148 (MQ=255) cTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTGCACT‑GGT‑CGGG‑GGGTTTccccccccgcg > 1:194628/1‑147 (MQ=255) gCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTCCCCCTTTGCCAT‑GGT‑C‑GC‑GGGGCTccccccc > 1:347001/1‑143 (MQ=255) gCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTa < 2:379500/151‑1 (MQ=255) gCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTa < 1:1396396/151‑1 (MQ=255) cTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTTTTTTTTTCCCT‑TGT‑T‑GG‑GGGGTTTCCCCCCCGCCGttt > 2:793073/1‑149 (MQ=255) ccGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTTGCCT‑TGT‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCCGCGtttc > 1:279358/1‑147 (MQ=255) cGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCACT‑GGG‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCGGCGTTTcc > 2:138592/1‑149 (MQ=255) cGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTTCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCCGCGTTAcc > 2:834232/1‑149 (MQ=255) aGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCt < 2:180329/151‑1 (MQ=255) tttACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTGTTCTCTGTTGGCAT‑CGT‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCGGCgggtccttgccccc > 1:382854/1‑135 (MQ=255) ttACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGc < 2:1484282/150‑1 (MQ=255) tACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTGTTGGACT‑GGT‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCGGCGGTACCTGGG‑C‑CCCCGccc > 2:1004593/1‑151 (MQ=255) aCCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTTTCTCTTTTTCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGGTTCCCCCCCCGGCGTTTCCTTGC‑C‑CCCCGccc > 2:481260/1‑150 (MQ=255) ccGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCt < 1:306958/150‑1 (MQ=255) cGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑At < 2:161446/151‑1 (MQ=255) gCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCCTTTGCCCT‑GGT‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCCGCGGTACCTGGT‑C‑CCCCTCCCT‑actgg > 2:1099262/1‑147 (MQ=255) aCGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGcc < 2:704539/151‑1 (MQ=255) cTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGTTCCCCGTTGCACT‑GGG‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCCGCGATATCTGGC‑G‑CCCCCCCCC‑ACGGAGccc > 2:1212363/1‑147 (MQ=255) gTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑tt < 2:609039/151‑1 (MQ=255) 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tctTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGCTTTCTCTCTTTTGCCCC‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTTCCCCCCAAGCGTTACCCGGC‑A‑CCCCGCCCC‑TTGGGGCCCGGGCTTTTCCTccccccccccgccccc > 1:532859/1‑145 (MQ=255) aCCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTCTTTTTCACT‑GGG‑C‑GT‑GGGGTTTCCCCCCCCGCGGTACCCGGC‑A‑CCCCGCCCC‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTTCTCCCCCCCCCCCCTCTcccccc > 2:706738/1‑150 (MQ=255) aCCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCg < 2:267498/151‑1 (MQ=255) cACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGGTTTCTCTCTTTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGGTTCCCCCCCCCGCGGTTCCCGGC‑A‑CCCCGCCCT‑CTGGAGCCCGGGC‑CTTTCTTCCCCCCCCCCGCCTccccc > 1:1556322/1‑146 (MQ=255) cccTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAgg < 1:713949/151‑1 (MQ=255) ccTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGga < 2:813998/151‑1 (MQ=255) tCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGgacga < 1:486228/150‑1 (MQ=255) aCCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTTCTCTTTGTTTCACT‑GGT‑C‑GT‑CGGGTTCCCCCCCCCGCGGTACCTGGC‑A‑CCCCGCCCC‑ATGGGGCCCCGAC‑CTTCCTCCCCCCCCCCCGCCCCCCCCGCAgggggagac > 2:990040/1‑144 (MQ=255) cccTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGgacgacga < 1:602689/150‑1 (MQ=255) ccTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCACCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGacgacgacg < 1:817829/151‑1 (MQ=255) 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tGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGtat > 2:818048/1‑151 (MQ=255) tGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGta < 2:1276241/150‑1 (MQ=255) | CAGTACGGGCCGTACCTTATGAACCCCTATTTGGCCTTGCTCCGGGTGGAGTTTACCGTGCCACGGACTGTTACCAGCCGCGCGGTGCGCTCTTACCGCACCCTTTCACCCTTACCTGATCCCGCTTGCGCGGGCCATCGGCGGTTTGCTCTCTGTTGCACT‑GGT‑C‑GT‑GGGTTTCCCCCCCAGGCGTTACCTGGC‑A‑CCCTGCCCT‑ATGGAGCCCGGAC‑TTTCCTCCCCTCCGCCCGTCTCCCCCGAAGAGGACGACGACGAAGCGGCGACTGTCTGGTCAGCTTCGGCGCGCAGTAT > NC_000913/3270308‑3270604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |