| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,267,294 | G→T | intergenic (‑229/‑86) | tdcA ← / → tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,267,294 | 0 | G | T | 99.0% | 364.5 / NA | 97 | intergenic (‑229/‑86) | tdcA/tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (43/53); minor base C (1/0); total (44/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAATTACCGGATAATTACCAGGCAAAATTTGAGTTAAATTTAATGAGCAAGTTCTCAAATTTTATTATAAATAAACCATTTTCAGTGATAAATAATGCGGC > NC_000913/3267149‑3267438 | aaCTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCTTTAt < 2:1528353/150‑1 (MQ=255) aCTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCTTTAtgt < 1:489160/151‑1 (MQ=255) ttCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTCAAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCTTTAtgtg < 2:501307/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |