| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,001,918 | 0 | A | C | 42.7% | 140.2 / 15.8 | 75 | intergenic (‑129/+192) | fliA/fliC | RNA polymerase, sigma 28 (sigma F) factor/flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/5); new base C (0/32); total (38/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGC > NC_000913/2001775‑2002066 | ataGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCccgc < 1:181751/150‑1 (MQ=255) gagTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCTTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACGGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAAACCccgccg < 1:772563/149‑1 (MQ=255) agTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATTGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGGTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCgg > 2:746455/1‑149 (MQ=255) gTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTgg > 2:61364/1‑151 (MQ=255) gAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCg > 2:1292871/1‑151 (MQ=255) aaTTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCgg > 2:881200/1‑151 (MQ=255) tCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCgggg > 2:219314/1‑150 (MQ=255) atgATACACAGCCCGGCATTTTAGGAGTTATCGGCTGTATTTTCCGTTTCTGGGGGGTTTTT‑AAACGGACGTTTAGTGGGTG‑AAGGGAGGGTTTATTGGGGGGTT‑ACGGTTAAATTCCAGTCAGAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAg < 2:815422/149‑1 (MQ=255) 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ttATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGGAGGGTTTTT‑AATCGGACAATTAGTGGGTA‑AAATGGGGGTTTTTTTGGGGTTT‑ACAGGTAAATCCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt < 2:924687/150‑1 (MQ=255) ttATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAAtt > 2:293602/1‑150 (MQ=255) taatatGGTTTATCGGTGTTTTTACCCTTTTCGGGGGGTTTTTT‑AATCGAACGATTAGTGGGTA‑AAATGGGGGTTTATTTGGGGTTT‑ACAGGTAAATCCCAGCAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGAc < 1:428188/143‑1 (MQ=255) tatGATTTATGGGCATGATTATCCTTTTCTGCGGGTTTTTT‑AAGGGGACGATTGGTGGGGA‑AAATGAGGGTTTATTTGGGGGTT‑ACGGGTAAATTCCAGGCAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTgcg < 2:777073/150‑1 (MQ=255) gatttATCGGCATTATTTCCCTTTTCTGCGGGTTTTTT‑AATCGGACGATTAGGGGGGA‑AAAGGGGGGTTTTTTTGGGGTTT‑ACGGGTAATTCCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCttt < 1:1221845/148‑1 (MQ=255) 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tCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTg > 1:1004802/1‑151 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGc > 1:1186591/1‑151 (MQ=255) cGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGc > 2:211804/1‑151 (MQ=255) aTGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCgg > 2:981786/1‑150 (MQ=255) gATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATg > 2:73653/1‑151 (MQ=255) 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aaaTCCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg < 1:330007/148‑1 (MQ=255) aaaTCCCAGGAAAAAAAAACCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTg < 1:1192222/148‑1 (MQ=255) aaaaacCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCa < 1:1287847/151‑1 (MQ=255) aaaacCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAg < 2:1041493/151‑1 (MQ=255) aaCCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGTCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGc > 2:1226646/1‑150 (MQ=255) | ATAGAGTGAATTCACGATAAACAGCCCTGCGTTATATGAGTTATCGGCATGATTATCCGTTTCTGCAGGGTTTTT‑AATCGGACGATTAGTGGGTG‑AAATGAGGGGTTATTTGGGGGTT‑ACAGGTAAATTCCAGGCAGAAAAAAACCCCGCCGGTGGCGGGGAAGCACGTTGCTGACAAATTGCGCTTTATGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAATGTGCAAATTCAATAAATTGCAATTCAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGCATCAGGC > NC_000913/2001775‑2002066 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |