Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 802,118 | 0 | A | C | 45.4% | 166.0 / 19.1 | 97 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | putative DASS family tricarboxylate or dicarboxylate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/7); new base C (0/44); total (46/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-20 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TAAGCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACCGGTTTAGGTAAACGTATTGCCTATCTGCTGATTGGTAAAATCGGTAACACCACGCTGGGTCTGG > NC_000913/801969‑802268 | gCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAaccac < 1:913775/151‑1 (MQ=255) gCGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCACTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAacca < 1:887078/150‑1 (MQ=255) cGAACTGGCGTGGGTGCTTTTTGGTATTTACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAaccacc < 3:103062/151‑1 (MQ=255) 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ttACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt > 1:247255/1‑151 (MQ=255) tcccTGGCGGCCATTGTGGGGCTGTTTATCAAGCTTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTATTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGAGGGTGCTTTTAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt < 1:1429644/148‑1 (MQ=255) tACCTGGCGGCCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt > 1:658494/1‑150 (MQ=255) gcggcCATTGTGGGGCTGGTTATCAAGCCTTTCCCGGAA‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACct > 2:116462/1‑151 (MQ=255) ggcCATTGTGGGGCTGTTTATCAGGCCTTCCCCGAAC‑CC‑TGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTAAATGGTGGTGGTAGGTAATTTATCCGACGGTGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctg < 1:1226277/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |