| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,400,195 | G→A | A298V (GCA→GTA) | mreB ← | cell wall structural complex MreBCD, actin‑like component MreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,400,195 | 0 | G | A | 99.0% | 392.0 / ‑4.7 | 101 | A298V (GCA→GTA) | mreB | cell wall structural complex MreBCD, actin‑like component MreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (49/51); total (50/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTA > NC_000913/3400047‑3400341 | ctctTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTacg > 2:884084/1‑151 (MQ=255) cGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTACGccac < 1:1755880/150‑1 (MQ=255) cTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTACGCcaccac > 1:874208/1‑151 (MQ=255) tGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTACGCCaccacc > 1:688015/1‑151 (MQ=255) tGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTACGCCaccacc > 1:1458665/1‑151 (MQ=255) gAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTACGCCaccacc < 2:1135551/150‑1 (MQ=255) aCAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTACGCCACCACCGGt < 1:692189/151‑1 (MQ=255) cAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTACGCCACCACCGGTg > 2:1337286/1‑151 (MQ=255) 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agTACGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTa > 2:144152/1‑150 (MQ=255) agTACGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTa > 2:1621270/1‑150 (MQ=255) | CTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTA > NC_000913/3400047‑3400341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |