| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP006584 | = 2891935 | NA (NA) | 104 (1.210) | 90/584 | 0.0 | 96.3% | intergenic (+12/+249) | LY180_13750/LY180_13755 | hypothetical protein/transcriptional regulator |
| ? | CP006584 | = 3268631 | 4 (0.050) | coding (88/1119 nt) | LY180_15515 | hydrogenase 2 small subunit | |||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TACCGTTATCTTTTAATGGGATGGAACCATCCACAACCAACACATACTGCCCTTTGTACTTCTCAAGTGCGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTAATGCCGTGAGAATGGATGAGGGTGTTATCTCCAGTCATTTATAGTTATTCCGTTGCGAAGACCTGGCATATATTTTGCCTCAATCGCAAAATCAATAATGCGATCGATGCGCCATTTACCACACATTTATTATGGTTATCGATATCATGATACTGCGGCGGGGCGCTAAAACGAAGGGAAGAAGCATTAGTGTAATTAATTAAAGCAAGATAATACGTATGTTTGATCAATTTTCGAGGCGATAACCG > CP006584/3268337‑3268928 | ttccttTATTTTTTTATGGGATGGAACCAACCACAACCCACACATACTGCCCGTTTTACTTCGCAAGTGGGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCtga > 2:775707‑M2/3‑295 (MQ=255) 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ttttAATGGGATGGAACCATCCACAACCAACACATACTGCCCTTTGTACTTCTCAAGTGCGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCtgagagatcccct < 1:363012‑M2/298‑14 (MQ=255) tttAATGGGATGGAACCATCCACAACCAACACATACTGCCCTTTGTACTTCTCAAGTGCGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCtgagagatccccag < 1:251744‑M2/298‑15 (MQ=255) tgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttgcagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTa < 1:477058‑M1/24‑1 (MQ=255) ttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgaccagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAAtgc < 2:39021‑M1/28‑1 (MQ=255) ttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTggcgg > 2:731805‑M1/268‑288 (MQ=255) ttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTggcgg < 1:731805‑M1/21‑1 (MQ=255) 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caaccgctgctgccctgtgTACTTCTCAAGGGCGTTATGTTTGTTCGCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAGGCACTTCGTTATACTCCAGAGAGCTAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATGCCGTACAACGGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCtgagagatcccctcataatttccccaaagcgtaaccatgt > 2:119075‑M2/10‑258 (MQ=255) caacACATACTGCCCTTTGTACTTCTCAAGTGCGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCtgagagatcccctcataatttccccaaagcgtaaccatgt < 1:99256‑M2/298‑41 (MQ=255) tACTGCCCTTTGTACTTCTCAAGTGCGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCtgagagctcccctcataatttccccacagcgtaaccctctgtgcata < 2:177893‑M2/298‑48 (MQ=255) aagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTa > 1:527736‑M1/240‑298 (MQ=255) agttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatctgTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTaa > 1:268335‑M1/239‑298 (MQ=255) agttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcagTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTaa < 1:796286‑M1/60‑1 (MQ=255) 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aCCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTAATGCCGTGAGAATGGATGAGGGTTTTATCTCCAGTCATTTATAGTTATTCCGTTGCGAAGACCTGGCATATATTTTGCCTCAATCGCAAAATCAATAATGCGATCGATGCGCCATTTACCACACATTTATTATGGTTATCGATATCATGATACTGCGGCGGGGCGCTAAAACGAAGGGAAGAAGCATTAGTGTAATTAATTAAAGCAAGATAATACGTATGTTTGATCAATTTTCGAGGCGATaa < 2:239307/298‑1 (MQ=255) ctgagagatcccctcataatttccccaaagcgtaaccatgtgtgaataaattttgagctagtagggttgcagccacgagtaagtcttcccttgttattgtgttgccagaatgccgcaaaacttccatgcctaagcgaactgttgagagtacgtttcgatttctgactgtgttagcctggaagtgcttgtcccaaccttgtttctgagcatgaacgcccgcaagccaacatgttagttgaagcatcagggcgattagcagcatgatatcaaaacgccttgagctcctcgttcggctatg < 2:398699‑M2/298‑298 (MQ=255) ctgagagatcccctcataatttccccaaagcgtaaccatgtgtgaataaattttgagctagtagggttgcagccacgagtaagtcttcccttgttattgtgtagccagaatgccgcaaaacttccatgcctaagcgaactgttgagagtacgtttcgatttctgactgtgttagcctggaagtgcttgtcccaaccttgtttctgagcatgaacgcccgcaagccaacatgttagttgaagcatcagggcgattagcagcatgatatcaaaacgctctgagctgctcgttcggctatg < 2:672419‑M2/298‑298 (MQ=255) ctgagagatcccctcataatttccccaaagcgtaaccatgtgtgaataaattttgagctagtagggttgcagccacgagtaagtcttcccttgttattgtgtagccagaatgccgcaaaacttccatgcctaagcgaactgttgagagtacgtttcgatttctgactgtgttagcctggaagtgcttgtcccaaccttgtttctgagcatgaacgcccgcaagccaacatgttagttgaagcatcagggcgattagcagcatgatatcaaaacgctctgagctgctcgttcggctatg < 1:500970‑M2/298‑298 (MQ=255) ctgagagatcccctcataatttccccaaagcgtaaccatgtgtgaataaattttgagctagtagggttgcagccacgagtaagtcttcccttgttattgtgtagccagaatgccgcaaaacttccatgcctaagcgaactgttgagagtacgtttcgatttctgactgtgttagcctggaagtgcttgtcccaaccttgtttctgagcatgaacgcccgcaagccaacatgttagttgaagcatcagggcgattagcagcatgatatcaaaacgctctgagctgctcgttcggctatg > 1:461709‑M2/1‑1 (MQ=255) | TACCGTTATCTTTTAATGGGATGGAACCATCCACAACCAACACATACTGCCCTTTGTACTTCTCAAGTGCGTTATGTTTGTTCTCTTCGACCTGATGACCGAAGGCGGCGGAAAGCACTTCGTGATACTCCAGAGAGATAGTCTCCAGCACGAGGTTTTCTACCGTTGGATGCGTTGCACGAAGCAGAGATTCCGTACAACCGGTGCACTCCTGCGCGCCAATCCAGATAACTGGCGGACGCTGCGGGTTAGTAACCGATTCGGCCATCTCTGCAGCGGCTTTGCTACTTAACCCCATGGTGGCGGCTAATGCTGCACAAAGCTTCATGAAATCACGACGGTTAATGCCGTGAGAATGGATGAGGGTGTTATCTCCAGTCATTTATAGTTATTCCGTTGCGAAGACCTGGCATATATTTTGCCTCAATCGCAAAATCAATAATGCGATCGATGCGCCATTTACCACACATTTATTATGGTTATCGATATCATGATACTGCGGCGGGGCGCTAAAACGAAGGGAAGAAGCATTAGTGTAATTAATTAAAGCAAGATAATACGTATGTTTGATCAATTTTCGAGGCGATAACCG > CP006584/3268337‑3268928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |