Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006584 | 194,161 | A→G | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 → | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 194,161 | 0 | A | G | 98.7% | 257.8 / NA | 77 | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (30/46); minor base C (1/0); total (31/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAA‑GCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGAC > CP006584/193872‑194448 | aaaCTGGATGATGGTGAAATCAAGAAAATTGAAGGGGCGCTGGCAGACAAAGAA‑GCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTGGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGaa < 2:686687/298‑1 (MQ=255) ctgaTTCGGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGGGCTGGAAG‑GAAAGAAGGCAGAACTGATGCAGTTCTGGTTCCTTGAACGGCAAAAACGCCGCTCAGTATATCCTTGCGGAACGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGcc < 2:95258/298‑1 (MQ=255) ctgaTGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAA‑GCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGcc < 1:710701/298‑1 (MQ=255) tgaTGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAA‑GCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCt > 1:459981/1‑298 (MQ=255) gaTGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAA‑GCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTg < 1:376917/298‑1 (MQ=255) ctgcAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAA‑GCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGCTTGGTTGCCGCACGCTGGACGTTGGGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGGTCGGCTTGTGGCAGGCAAAAATGTCCATCGCCTGGTCGGACAGTGCCTGGaag > 2:508448/1‑297 (MQ=255) tgcAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAA‑GCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAAtt > 1:3536/1‑298 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |