Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP006584 | 2,506,026 | T→C | intergenic (‑1383/‑130) | LY180_11895 ← / → LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 2,506,026 | 0 | T | C | 98.6% | 240.3 / NA | 69 | intergenic (‑1383/‑130) | LY180_11895/LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (31/37); minor base G (0/1); total (31/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCCGCTATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACT‑GGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCG‑CAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCA‑AATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAACGCAAAGGCGTTCGTCTGAGCGTTTTCAAACCTATCGCTCAGCCGCGTACCGGTGGCGATGCGCCCGATC > CP006584/2505734‑2506309 | tGCCGCTATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACT‑GGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCccaa < 1:789810/298‑1 (MQ=255) tGCCGCTATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACT‑GGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCccaa < 1:651891/298‑1 (MQ=255) ccGCTATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGCTGGTCGTCTCGACGCTGTCGTCTTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACT‑GGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGACGGCACCAGGCCAGCACGTTTCGGCCAGTCTGGTTTCCTCACCACAGCAGGTACCCGCCCTCCGGTCGTTACCtcaagc > 2:389832/1‑296 (MQ=255) gAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGCACTGTCTCTGGGCAAACT‑GGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTGCATCAACAAAGAAGGTACCCTACCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACgaacacc > 2:799987/1‑294 (MQ=255) 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gCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACT‑GGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCG‑CAAGACCCGAGCCGCCTGACTGCCCGATTTCCCACCGCcac > 2:352289/1‑297 (MQ=255) ccGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCGGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACT‑GGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCG‑CAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCcagctca > 1:64572/1‑298 (MQ=255) gCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACT‑GGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCG‑CAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCcagctcagc > 1:712784/1‑298 (MQ=255) 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TGCCGCTATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACT‑GGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCG‑CAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCA‑AATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAACGCAAAGGCGTTCGTCTGAGCGTTTTCAAACCTATCGCTCAGCCGCGTACCGGTGGCGATGCGCCCGATC > CP006584/2505734‑2506309 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |