| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 2385043 = | 1 (0.020) | 74 (1.180) | 62/586 | 0.1 | 98.7% | coding (718/1026 nt) | LY180_11390 | microcin C ABC transporter permease |
| ? | CP006584 | 2565085 = | NA (NA) | intergenic (+71/‑106) | LY180_12185/LY180_12190 | D‑serine dehydratase/hypothetical protein | |||||
ATGACATGCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGACCG > CP006584/2564791‑2565378 | aTGACATGCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGGGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACtgatg > 1:663831/1‑299 (MQ=255) tGCTTGGCTGGCTGGCGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATccc > 1:394574/1‑299 (MQ=255) ctggcGCAGGAAGAAGGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCATTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGAtttt > 1:457308/1‑299 (MQ=255) gggcgggAACAGGGTACTCGGCTGGAACTTTTGGCAGTGGGGGGTATGGCCGGAACTCGGGGGGTGTGGGCATCAGTAAGGTACCAACAGATGCACGGGTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGt < 2:196556/294‑1 (MQ=255) agaagGTATTCGTCTTGAACCTTCGTCACTGGCGGGTATGGCCGCACCTCAGCGCTTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCTACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATTAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCa < 1:585408/299‑1 (MQ=255) gaagGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAt > 1:155037/1‑299 (MQ=255) aagGTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAtt > 1:142969/1‑299 (MQ=255) gTATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGAAGAATCAATATCTGGCAAAAGGACGCTAATAACGATTCAACGCAGCATCCCAATCCTTTCCCCGGGTGAGCCGTGCTGCCCATGGCCCCGACTTAAGACTCATGAAACCCCTAATGATTTTGGTcaaaaaaactaag > 2:35816/1‑291 (MQ=255) tATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGGATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTTGTAAAAATCAttaagt > 1:186454/1‑299 (MQ=255) tATTCGTCTTGAACCTTCGGCACTGGCGGGTATGGCCGGACCTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaagt > 1:505940/1‑299 (MQ=255) 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ccTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTc < 1:520568/299‑1 (MQ=255) cTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATc < 1:523104/275‑1 (MQ=255) cTCAGCGCGTGTGTGCATCAGTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATc > 2:523104/1‑275 (MQ=255) 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gTAAGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGac > 1:293183/1‑299 (MQ=255) aaGTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGacaa > 1:647119/1‑299 (MQ=255) gTTACCAACAGATGCACGGTTTCAGCGCAGAACAACTGCGTAATACCACTCATCTGGTGTGGGCGACGGGAGGTGGAATGGTGCCGGAAGAAGAGATGAATCAATATCTGGCAAAAGGCCGTTAATAACGTTTCAACGCAGCATCGCAATCCTTTCCCTGGGTGAGCGATGCTGCCGATGGCGCAGACTTAAGACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGacaaca < 1:419044/299‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |