Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006584 | 194,161 | A→G | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 → | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 194,161 | 0 | A | G | 96.0% | 155.6 / ‑2.0 | 53 | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (26/22); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 |
AGAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACGCCGTA > CP006584/193870‑194454 | aGAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGa > 1:78526/1‑299 (MQ=255) aGAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGa > 1:533841/1‑299 (MQ=255) ggactgtggcgtaaaTCAAGAAAATGGAGGCGGGGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACGGATGCAGTTCTGATTGTTTGAAAGACAAAAACGACGGTCAGTAGGCCCTTGGGGATCGGCTGGCGTCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCACCTCTGGATGTTTCATGAAGGAACTCACCCTTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCTACATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTg < 2:426716/286‑1 (MQ=255) tgaTGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTTGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTg < 1:106110/299‑1 (MQ=255) aaTTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTAt < 1:606307/299‑1 (MQ=255) gggcgCTGGCAAAAAAAGAAGGGGAACTGATGCAGTTCGGATTTCTAGAACGACAAAAACGCGGCTCATTGGATCCTTGCGGATCGGGTGGCGGCGTTTTGCGTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAAt < 2:292459/298‑1 (MQ=255) gcTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGAc > 2:160947/1‑299 (MQ=255) tgccAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAACACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGACGGCATTTTGATTTTTATTCTGTCTCCACTCTGGATGTTTCAGGAAGCAACTCACCATTCTGGGCCCGACCGGCTCCATTGATTGCAGCACCCTGCACCTGGTGCCCCATAATCCCCAACACTCCCGCGTAGTTGAGCGGGTCGCAGGACAAAAAGTCGCACGCGTCGGAGAACTGCTCCGGGGATTCACCCCCCGGTCAGCCGCCAAGGACGa > 2:481073/4‑299 (MQ=255) agaagCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCCGGCAAAAATGTCACTCGCATGGTAGAACAGGGCCTGGAATTCCCTCCCCCCTATGCCGTAATGGACGGTGAAGCGAgg > 2:618884/1‑298 (MQ=255) cTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGCTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAActtc > 1:208525/1‑299 (MQ=255) 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aGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAAc > 1:612323/1‑299 (MQ=255) tGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGc < 1:142731/299‑1 (MQ=255) agttCTTGAACGACCAGAACGCCGCTTAGGTGATCCTTGGGGATCGGCTGGCGGCGTTTTTCTTTTTATTGGTGCCCAACCCTGGATGTTTCATGATGCAACTCACCAGTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCATGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCTAAACTTCTTAAAACGATGCTa < 2:31516/297‑1 (MQ=255) aaaaaCGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAg < 1:357724/299‑1 (MQ=255) caCGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTGTTTATTCTGTCTCCACGCTGGCTGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCCGCACGCTCGACGTTGTGCGTCATCATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTCTGGGCAGGCAAAAAAGTAACCCGCCTGTGAGAAACGGTCCTGGAATTCTCTCCCCGCTGCCCCGTAGTGGACGAGGAAGCGGGTGCCACCCATCATAAAACGAGGCCATAGAAACAGGATAGCCg > 2:135769/2‑299 (MQ=255) aaCGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCg > 1:137988/1‑299 (MQ=255) 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aTCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTTCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGAAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTACCTGGAAGTCTCCCCCCGCTATGCCGCAATGGAAGCTGAACCGGGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCAACAACAACAGGGCAGCCGCACCCAACGCTTaac > 2:66629/1‑298 (MQ=255) aTCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGATGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAg > 1:352163/1‑299 (MQ=255) ccTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTg > 1:127442/1‑299 (MQ=255) gCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGTCGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCg > 1:192622/1‑299 (MQ=255) ggcgTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCg < 1:618884/299‑1 (MQ=255) tGCTTTTTATTCTTTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGc < 1:259411/299‑1 (MQ=255) cTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAg < 1:66629/299‑1 (MQ=255) tCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATtctct < 2:653983/173‑1 (MQ=255) tCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATtctct > 1:653983/1‑173 (MQ=255) aaCTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGAGGTTGa > 1:585889/1‑299 (MQ=255) gCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCAttg < 1:399544/299‑1 (MQ=255) aCTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCAttgttg > 1:192738/1‑299 (MQ=255) 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ggCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTAc < 1:41323/299‑1 (MQ=255) ggttcgggtagtgtGGGCGGGGTGCGCCATAATCCGGCACGCGTGCGCGTGGGGTCGGTGGTGGCAGGCAAAAATGTAACGCGCGTGGTAGAACAGTGCCGGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACGGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTtgctgc < 2:78526/286‑1 (MQ=255) tggtgCGGCAGAATCCCGAACAGTGGTGGGTAGGTGCGCTGGTTGCAGGCAAAAAGGTCCGTCGCGTGTGAGAACAGTGCCTGGAATGCGCTCCGCGGTATGCCGTAATGTACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAATAGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGAACGGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCGGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAAcc < 2:274829/299‑1 (MQ=255) tAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTgg < 1:375105/299‑1 (MQ=255) ggcgggacgtgggccGTGTGGTTGGGCGGGTGGGAGACAAAGATGTCAGCCGGTGGGTAGGAGAGTGCCTGGTATTCTCTTCCCTCGATGGCGGAATGGAGGAGGAGGCGAGTCGGGAACTTGTTAAGAAGATGCTGCAGCACCAGGGTAGCGGCACCGAAGGCTTAGGGGGGCAACAGGCCGGTTGCGATAGGGTAGGGCTTGAGGATGTTGATGAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCGACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGcg < 2:127564/286‑2 (MQ=255) gAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAACATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGCGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGCAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAAAAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGCTGTTGCTCAGGTGCTGCCAGCCATTGTGGGCGCTGTCGGGCTGGTACCTACGCTCGCTGGTCGCCGCCCGGGTAAAACCATTTTGCTgccaacata > 2:527624/1‑291 (MQ=255) acacTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAg > 1:289930/1‑299 (MQ=255) gcgTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTg < 1:27001/299‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGGCGAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCgg > 2:212897/1‑299 (MQ=255) tggCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGt > 1:330835/1‑299 (MQ=255) ggcaAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGtt < 1:160947/299‑1 (MQ=255) cACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACGCCg > 1:636647/1‑299 (MQ=255) cTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGCGTGCGAAACTTCTTAAAACGCTGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCAACGACGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATTTTGATCAGGTGAGGGCCGCCCTTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCTCGGGTACACCCATATTGCTGACCAAAACACACACATCGGTTACCTGCGGACGCTTGTTTTTGGGCGcctga > 2:548782/1‑296 (MQ=255) | AGAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACGCCGTA > CP006584/193870‑194454 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |