Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006584 | 2,312,761 | T→A | intergenic (‑71/+448) | LY180_11070 ← / ← LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 2,312,761 | 0 | T | A | 98.4% | 166.4 / NA | 63 | intergenic (‑71/+448) | LY180_11070/LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (36/26); minor base C (1/0); total (37/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTTTGTTGAGTCGCCATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCTGCGATCTACTTTCCAGATATTTTTTGCCAATAGCC > CP006584/2312481‑2313051 | cTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACCACAGCACCTTCCCCTTCCACTGCCTGTCGATACTGGTTTACCTctgttggaccacgattttc > 2:57614/1‑286 (MQ=17) aaCTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGCACTACAGAATATATTCAACAAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGAGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTCCCCATTACTTCAAACAATCAATCACCCGTAACATAGCCACTAATAGATCCCGTCCGGCAATGACACCGATTAACTTTTTTGTCAACGTGACCATCACCTCTCATTACTAAGGACTGCAACACCAACAACTTACCCTAACCCGTCCTCTCAATACTCGTTTACCTATGTTGACCCACGATCTTGCACt > 2:197262/1‑299 (MQ=255) caTCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCGCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTCACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGCTTCCGCATGTTGAACCACGATTTTTCACTCAGGATCCAACCACTACCt > 2:307714/2‑299 (MQ=14) cGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCCCCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATCATGGTTTACGTAAGTTGGACCACGATGTTGCAACCCGGATCAGGACACTAccatca > 2:355732/1‑295 (MQ=14) 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cGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGACACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGc < 1:670891/299‑1 (MQ=255) gCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCCACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACCCTGTCCAGCGGTGGTTATAATTCTTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATAAGTAACTTAACATCCAAGTAGTAAATAAAAAAAACTAcc > 2:319925/1‑299 (MQ=17) gCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGtagatcggaagagcacac > 1:156352/1‑286 (MQ=17) ctctCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCt < 1:505788/299‑1 (MQ=255) ctctCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCt > 1:496969/1‑299 (MQ=255) ccTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCCGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCAcc > 2:290724/1‑299 (MQ=255) tattaAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACCCTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACcagc < 1:456426/299‑1 (MQ=255) tattaAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACcagc > 1:286048/1‑299 (MQ=255) attaAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACcagca > 1:359424/1‑299 (MQ=255) 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ccAGCGCCTTACCCTTACACTTCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCt < 1:339356/299‑1 (MQ=255) tGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAATTATTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAAGTTTTTTTATTTTTTGCAATCTCATTTCCACATAttttt > 2:560256/1‑299 (MQ=18) aTACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATACATCTCATTATCTTCATTGCAACAATGTCCAGCGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGTAGGTTTTTTTATTTTCTGAGATATACTTTCCACATATTTTTTTCCa > 2:197467/1‑299 (MQ=18) tACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCACCACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAACGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCCGGTTTTTTTATTTTCTTACATCTACTTTCCAATTTTTTTTTGCCaa > 2:420584/1‑299 (MQ=18) gTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACTTGCCTAACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCTGCGATCTACTTTCCAGTTATTTTTTGCCACTacac > 2:104003/1‑296 (MQ=18) gTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCTGCGATCTACTTTCCAGATATTTTTTGCCAATAGcc < 1:307714/299‑1 (MQ=255) | CTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTTTGTTGAGTCGCCATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCTGCGATCTACTTTCCAGATATTTTTTGCCAATAGCC > CP006584/2312481‑2313051 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |