| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006584 | 2,312,767 | 3 bp→GAC | intergenic (‑77/+440) | LY180_11070 ← / ← LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 2,312,767 | 0 | A | G | 95.2% | 166.6 / NA | 63 | intergenic (‑77/+442) | LY180_11070/LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/0); new base G (34/26); total (37/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP006584 | 2,312,768 | 0 | G | A | 98.4% | 168.4 / NA | 63 | intergenic (‑78/+441) | LY180_11070/LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (36/26); minor base C (1/0); total (37/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP006584 | 2,312,769 | 0 | T | C | 100.0% | 176.5 / NA | 63 | intergenic (‑79/+440) | LY180_11070/LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (37/26); total (37/26) | |||||||||||
AACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTTTGTTGAGTCGCCATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCTGCGATCTACTTTCCAGATATTTTTTGCCAATAGCC > CP006584/2312485‑2313051 ||| aaCTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGCACTACAGAATATATTCAACAAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGAGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTCCCCATTACTTCAAACAATCAATCACCCGTAACATAGCCACTAATAGATCCCGTCCGGCAATGACACCGATTAACTTTTTTGTCAACGTGACCATCACCTCTCATTACTAAGGACTGCAACACCAACAACTTACCCTAACCCGTCCTCTCAATACTCGTTTACCTATGTTGACCCACGATCTTGCACt > 2:197262/1‑299 (MQ=255) 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ctctCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCt > 1:496969/1‑299 (MQ=255) ccTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCCGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCAcc > 2:290724/1‑299 (MQ=255) tattaAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACCCTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACcagc < 1:456426/299‑1 (MQ=255) 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AACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTTTGTTGAGTCGCCATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCTGCGATCTACTTTCCAGATATTTTTTGCCAATAGCC > CP006584/2312485‑2313051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |