New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 4186759 = | NA (NA) | 47 (1.680) | 45/584 | 0.0 | 94.0% | coding (292/294 nt) | LY180_19995 | hypothetical protein |
? | CP006584 | 4334567 = | 3 (0.110) | coding (30/1734 nt) | LY180_20755 | membrane protein |
ATATGATACGTAAGTCAGCTACAGGTGTTATTGTTGCGTTAGCCGTAATCTGGGGTGGTGGCACATGGTACACAGGTACGCAAA‑TTCAGCCTGGTGTCGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACT‑CTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAAT > CP006584/4186466‑4187046 | atatGATACGTAAGTCAGCTACAGGTGTTATTGTTGCGTTAGCCGTAATCTGGGGTGGTGGCACATGGTACACAGGTACGCAAA‑TTCAGCCTGGTGTCGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACtgatg < 1:13793/298‑1 (MQ=255) 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ggTGTTATTGTTGCGTTAGCCGTAATCTGGGGTGGTGGCACATGGTACACAGGTACGCAAA‑TTCAGCCTGGTGTCGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTaac > 1:27942/1‑297 (MQ=255) tgtTATTGTTGCGTTAGCCGTAATCTGGGGTGGTGGCACATGGTACACAGGTACGCAAA‑TTCAGCCTGGTGTCGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTaaaaa < 1:279287/298‑1 (MQ=255) gtttatcGTAATCTTGGGATGTGGGAAATGGGACACAGGTAAGCAAA‑TTCAGCCTAGTGTCGAAAAGTTTATTAAATATTTTAACGAGTCTAAAAAGAAAAGGTAACAGTGCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAATGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaagttaa < 2:246687/292‑1 (MQ=255) 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acaTGGTACACAGGTACGCAAA‑TTCAGCCTGGTGTCGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGa < 1:54467/298‑1 (MQ=255) tACACAGGTAAGCAAA‑TTCAGCCTGGTGTCGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAAt < 2:135307/298‑1 (MQ=255) tACGCAAA‑TTCAGCCTGGTGTCGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTcgc < 1:296272/298‑1 (MQ=255) ccTGGTGTCGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCaataa < 1:229396/298‑1 (MQ=255) cTGGTGTAGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAAAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACTTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGTTTTTTTTAATTATCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCaataat < 2:222003/298‑1 (MQ=255) tttATTAAAGATTTTAACGATGATAAAAAAAAAGTTGAAAATGCCTAAATTATGACGTTAAGTTTTAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCAAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGAtg < 2:203279/298‑1 (MQ=255) 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tgcaaatgACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTg < 2:308199/273‑1 (MQ=255) tgcaaatgACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTg > 1:308199/1‑273 (MQ=255) aTTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACCCTTAAAACGCCTCAACAGCTTCACTTTGGCTTGCCACCCATTCCTTGACTTTaaactcctacc > 2:294550/1‑290 (MQ=255) 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tatCAAGCCATGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGATAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATATTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACATTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGGCTTCACTGACGGTACAACTCCTCA‑TCTTAACAAAATTGGCCGTGAcactcc > 2:300502/1‑293 (MQ=14) gacagAAAGTTGTATTTGATGTGTAAGTTGAGGAATGATGAATCCACTAAAGATTTTTGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATAAACATCTTGGCATATGAGCAAATGGGTTAGCGAAAGATCGATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGAGTCTCTTTACCAATTCTGCACCGAATTACACGTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACG‑CTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCga < 2:52172/296‑1 (MQ=11) agAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACT‑CTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTTCCAACCAAAGCGAGaa > 1:139622/1‑298 (MQ=39) tagttgttgTAGATGTTAAGCAGTGATGAATCTCCTAATGATTTTGGTAAAAATAATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCACATAGGTTCGAGAAATATAAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCACTTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACT‑CTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAaacata < 2:27942/295‑1 (MQ=11) tGTTGAGCACTGATGCATCCCCTAATGATTTTGGTAAACATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAGTGGTTTCGCGAACCATCAATAATCATACAACAAGATGTGCGAACTCGATCTTTTACACGAATCTCGTGCCCAATTCTACCCCTAATTACACTTCAACCTACTCACCAGCTTAACGTTGGCTACCCACGCATTACTTGACTGTAAAACC‑CTCACTCTTACCTAACGTGGCATTAACCTGCTAACCAAACCTACAACAACACAAAAcaacaacacaaa > 2:281956/1‑292 (MQ=11) | ATATGATACGTAAGTCAGCTACAGGTGTTATTGTTGCGTTAGCCGTAATCTGGGGTGGTGGCACATGGTACACAGGTACGCAAA‑TTCAGCCTGGTGTCGAAAAGTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATAAAAATTTTGACAAAGGTTTTTTTAATTCTCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCGATCTCAATATCAAGCCAGGCCAGAAAGTTGTATTTGATGTGGATGTTGAGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACT‑CTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAAT > CP006584/4186466‑4187046 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |