New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 346068 = | NA (NA) | 25 (0.890) | 22/586 | 0.4 | 92.6% | intergenic (‑51/‑107) | LY180_01675/LY180_01680 | CadC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | CP006584 | = 363812 | 2 (0.070) | intergenic (‑39/‑249) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase |
GCTTTATTTCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTTGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACAGCCAGACGCTGGTGGTAAAACTCGGCACCAGTGTGCTA > CP006584/363517‑364108 | gCTTTATTTCCGGCAAACTCCGCTTCCCAACGGCCATAGCCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTAAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGTCGTTATCACTCATATAATGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTACCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCATTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGct < 1:147773‑M2/298‑3 (MQ=255) cagccaaacTCGGCATCCCAACGGCCATTGCCAGTCAATTGGTCGTTAGTTTTTTTCTTGCCGTTAAAACCAAAATGGATCTAATTTTGGTCGCAATCTTTACTGTCGTGATCACTCATATAATGCATGGATTTAACTTTTCCATAGACATCCGGTGTATTTCCGTCTTTGTTATATATTTCTGCGGCCTGGACGGATGCAGATGCCACAATGGCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTGTCATTGTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaagcg > 2:70201‑M2/5‑287 (MQ=255) accatgtaagttgatcGTTAATTTTTGTTGAGCCTTTAAGACCAAACCGGCTATACCTCTGTTCGCCATCTTTACTGACGTTTTCACTCATATAAGGCATGGCTTTAACTTTGCCATAGACATCCAGTTTATTGCCGGCTTGGTTATATATTTCTGCGGCCTGTACGGATGCAGATGCCACAATGCCCATCACCACTAATGCCAGAGTGCTCTTTTTCAGTTTCATTCCTGATTTTAATTAACGCGCGAATATTCAGCGctgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatcattaag > 2:330585‑M2/6‑259 (MQ=255) gacgtaattgtcagaaacaaggttgagacaagctcttgcaagctaacaccgtggcaaaacgaaacatactctcaacagttcgcgtaggcatggaagttttgcggcattctcgctacacaataagaagggaggaattactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggtgacgctttggcgaaagtatgaggggatctttcagtATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAATTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTc < 2:301498‑M2/81‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |