Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006584 | 194,161 | A→G | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 → | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 194,161 | 0 | A | G | 95.7% | 69.5 / NA | 23 | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (10/12); minor base C (1/0); total (11/12) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCT‑GGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGG‑TGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATG‑TTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCT > CP006584/193880‑194428 | tgaTGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCT‑GGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCGGG‑TGGCAGGAAAAAATGTCACTCGCGGGGTAGAACAGGGCCt > 2:311424/1‑298 (MQ=255) gaTGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCT‑GGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGG‑TGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTg > 1:263553/1‑298 (MQ=255) taaaataaaTTCAGGCGGGGCTGGCAGAAAAATAAGCAGAACTGATGCCTTTCTGATTTCTTGACCGCCTAAAACGCCGCTCAGTCGATCCGTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGGCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCT‑GGACGTGGGGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGG‑TGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATtctctc < 2:62916/292‑1 (MQ=255) ctctcggtgatgcgcTGGGAGACAAAGGAGCAGCACTGATGCGGTTCTGTTTTCTTGAACGGCAACATAGCCTCTCAGTAGGTCGTTGCGGAGCGGGTGGCGGCGTTTTGTTTTGTATGCTGTGTCAGCTCGGGATGTATCATGAAGCAACTCAGCATTCGGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGGACGCG‑GGACGTGGGGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGG‑TGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCt < 2:99058/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |