New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 346068 = | NA (NA) | 37 (0.890) | 35/586 | 0.3 | 100% | intergenic (‑51/‑107) | LY180_01675/LY180_01680 | CadC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | CP006584 | = 363812 | 0 (0.000) | intergenic (‑39/‑249) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase |
ATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCG > CP006584/345781‑346358 | atcGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATAGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGAAGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGCTAAATGTTACTTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATcc > 1:325034/1‑298 (MQ=255) gATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACACATAGTTGGGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGGGTTTTGCATTGATGAATCCCCt > 2:264414/1‑298 (MQ=255) attccaagaggacacgtATGGTTCGCCGTCGGCGGGCTTTTTCCGCGGCAAATGAGGTCTTTCCGTATTTGGGCACATAAAGAAGAGCGCGATAAAACCACATCTGCCTTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGTAGAGACGACGGGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTa < 2:300467/285‑1 (MQ=255) acgcgcaacgcATGGATCGCCGTCGACAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGAtt > 1:217404/1‑298 (MQ=255) gATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAt < 1:2254/298‑1 (MQ=255) ggCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAgg > 1:368669/1‑298 (MQ=255) gACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTc < 1:81614/298‑1 (MQ=255) aTGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCatat > 1:201464/1‑298 (MQ=255) aTACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTATGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGttt < 1:356148/298‑1 (MQ=255) ggTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGccc < 1:320747/298‑1 (MQ=255) agaCGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAATAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGAGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCTCAGACTTCCACt > 2:109283/1‑298 (MQ=255) acgacgTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTa < 1:264414/298‑1 (MQ=255) gtgtTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACg > 1:242794/1‑298 (MQ=255) aagccatttgtcattGTATTAAGGGAGTTAACGAGGGGTTCATTCGCCCGTGTTTGAGAAAAATACTCTGATTTTAGTTGACCGTAGGAAGGGATACATGTTTCCTGATAGTGCTTTACACTTATGAATTCCATAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGATGGATACACATCTTTTCATATGAGCAAATGATTTATCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTAACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCaa < 2:325034/284‑1 (MQ=14) tttCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCtt < 1:243542/298‑1 (MQ=255) aaTGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATATTAATACTCATAATTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATAATTAAGTTACGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGTTAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTTTGCCCATACTTTAACTTAAAACGACACaaaacatgaacttt > 2:179595/1‑286 (MQ=21) aTGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTCAGAACTCGATATTTTACCAGAATATCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTAAATTTAAAACAACTCAACACCTTAACCTTg > 2:374947/1‑298 (MQ=21) gACGGGCCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTg > 2:68878/1‑298 (MQ=255) aGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATTAATCCCCTAATGATTTTGGTCAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAACATCAATAATCAGCCAACACGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGTTTAACGTTAGCTGCCCCCGCATTACTAGACTGTAAACctctacc > 2:335584/1‑295 (MQ=17) ttGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCt > 2:193228/1‑231 (MQ=255) ttGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCt < 1:193228/231‑1 (MQ=255) aCCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTaaaa < 1:418303/259‑1 (MQ=255) aCCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTaaaa > 2:418303/1‑259 (MQ=255) aCCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGccaacca > 1:38143/1‑298 (MQ=255) ccTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGccaaccaa > 1:212939/1‑298 (MQ=255) cTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTCTGCACTGATGAATCCGCTAATGAGTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGATGCATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTAGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAAAGACTAAACAGCTTAACGTTGGCTTGCAACGCATTACTTCACTTTAAAACTCTCCCCCTTACGCAACCTGGACGTAACCTTCACACCaaa > 2:359232/1‑298 (MQ=14) cAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCgag > 1:404299/1‑298 (MQ=40) tAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAACAATCATTAAGTTAAGGTGTATACACATCTTGTCATATGATCACATGGTTTCGCGAAAACTCAATAATACGATAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTATTTACCAATTCTGCCCAGACTTACACTTAAAACGCCTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCACTACTTGCCTGTCAAACTATCACTCTTACCGCACTTGCACGTAACCTTcaaaccaagcctcaaacacaa > 2:38372/1‑285 (MQ=11) ccagATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTTGTAAAAATCATTAAGTCAAGGTGGATACACAACGTGACATATGATCAAATGGTATCGCAAAAAATCAATAATCAGATAACAAGATATGCGAACTCGATCTTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTAAACTTAAAACGAATCAACCGCTAAACGTTCGCTTGCCACGCATTACATGACTTAAAAACTCACTCTCTCACCGAACATGACCGAAAACTGACAACCAAATCCTAAACAAaacacaaactc > 2:205892/4‑294 (MQ=11) gTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCCTTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCACATGGTTTCGCGAAAAATCACTAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATCTTTTACCCGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAACCGACTCACCATCTTAATGTTGGCTTGCAACGCATTACATCACTGTAAAACTCTAACCCTTGCCGAACTTGGCCATAACCTCCCAACCACACCGAAAACAAAACATAACAAcaaacaaa > 2:278596/1‑298 (MQ=11) cTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCg > 1:252854/1‑298 (MQ=31) | ATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGACGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCG > CP006584/345781‑346358 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |