New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | = 2254135 | 35 (0.840) | 3 (0.070) | 3/586 | 5.3 | 4.3% | coding (352/414 nt) | LY180_10760 | hypothetical protein |
? | CP006584 | = 3860746 | 98 (2.360) | coding (782/987 nt) | LY180_18405 | C4‑dicarboxylate ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGGATGTGGGTAACGGGCAAAACCAAATTCCTGATATGTCAGCGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACCTGTCCCCACCTCCTGGGAAGGTGAGAGTTGCGGGTGATGATGGCTATCCTGCATGGGATGACGTACCGCCGCTAACTCATGAAGAACAACT > CP006584/2253845‑2254419 | gggATGTGGGTAACGGGCAAAACCAAATTCCTGATATGTCAGCGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAatcc > 2:50478/1‑298 (MQ=255) gggATGTGGGTAACGGGCAAAACCAAATTCCTGATATGTCAGCGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAatcc < 1:240134/298‑1 (MQ=255) gggATGTGGGTAACGGGCAAAACCAAATTCCTGATATGTCAGCGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTAAAAATTGACTAACTCAAATGCTATAATAGAAAACCTGGGA‑CTCTTTGATAAAAGaaaaac > 2:328461/1‑295 (MQ=255) ggggcaaaCCAAATTCCTGTCAGGGACGGGGGGGAGTGTGGGGTAGGTCAAACGGCGGGATGGGGGAGAAGCCCGGATTGTTTTATTGAACAAATGGGGCTAACTGATGCCACAACAAATTAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATTACCAGGCTCCTGTTGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTc < 2:190376/293‑1 (MQ=255) gggCAAAACCAAATTCCTGATATGTCAGCGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTc < 1:456/298‑1 (MQ=255) aaaaCCAAATTCCTGATATGTCAGCGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAAc < 2:166342/298‑1 (MQ=255) aaaTTCCGGATATGTCAGCGTGGGGGTGTGGGGGAGATACAACGGCGGGATGGAGGGGAAGCCCGGGTGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGc < 2:141379/298‑1 (MQ=255) gATATGTCAGCGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGcc < 1:317152/298‑1 (MQ=255) cAGCGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGtt < 1:419719/298‑1 (MQ=255) cGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGc < 1:336586/298‑1 (MQ=255) 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aaTTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCAt > 1:51555/1‑298 (MQ=255) tATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGa‑gt > 1:268878/1‑298 (MQ=255) gTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCCCCTGTGGCAGGGGAAATGTCAGTATGTCAATTTTATAAATTGACTAACACAAATGCCATAGCAGAGAACCTGGTATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCACCTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAACATGAGTAAATATCTTTACGATGCCAACACTAATATGTTATACCCATTTCCTGTGGAACTTTAGTATAAGGAGTCTGGTTTAT‑GCCCCACTATGGATGTTGAAGTGGATGAgataatt > 2:82059/1‑292 (MQ=255) tgGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACCTGTCCCCACCTCCTGGGAAgg < 1:191473/298‑1 (MQ=255) tgGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACATTTCCCACACTCCTGGGAAgg > 2:249667/1‑298 (MQ=255) gggAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACCTGTCCCCACCTCCTGGGAAGGTgaga < 1:197648/298‑1 (MQ=255) gTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACCTGTCCCCACCTCCTGGGAAGGTGAGAGTTGCggg < 1:328461/298‑1 (MQ=255) tGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGCTATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCCACAGGAAAATCAAATGAGTAAATATCTTTACGGTGCAAAGACTAATAGGTTTTACCAATTTAATCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTATGTGTTCTGGCCTCATAATTGA‑GTTGCAGTTGATGAGGATATATTGATGAAGTAAGTGTCCTCATCTCCAGGGAAGGTGAAGTTTGCGGGtgttgct > 2:152608/1‑296 (MQ=255) aTTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACCTGTCCCCACCTCCTGGGAAGGTGAGAGTTGCGGGTGATGATGGCTa < 1:320293/298‑1 (MQ=255) tataAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACCTGTCCCCACCTCCTGGGAAGGTGAGAGTTGCGGGTGATGATGGCTATCCt > 1:13074/1‑298 (MQ=255) taAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACCTGTCCCCCCCCCTTGGGAGGGTGAGAGTGTAGGGGGAGTATGTGTATCCTGc > 2:163624/1‑298 (MQ=255) aactgagaTAGGAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAGAGTAACCCACGCTTCAATGTTCCAACGGTGGCTGGTTGCGGCTGTTTTACTCCAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCGTTACGATGCAAAAACTGATATGGTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATAGAGTTATTAAGTACCTGTCCCCACCTCCTGGGAAGGTGAGAGTTGCGGGTGATGATGGCTATCCTGCATGGGATGACGTAcc < 2:110430/291‑1 (MQ=255) aTCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACCTGTCCCCACCTCCTGGGAAGGTGAGAGTTGCGGGTGATGATGGCTATCCTGCATGGGATGACGTACCGCCGCTAACTCATGAAGAACAACt > 1:138272/1‑298 (MQ=255) | GGGATGTGGGTAACGGGCAAAACCAAATTCCTGATATGTCAGCGTGGGAGTGTGGGGGAGATACAACGACGGGATGGAGGCGAAGCCCGGATGGTTATATTGAACAATGGGGGCTAACTGAGGCCACAACAAATGAAGTTTTGATTAATTTTCCTATCCCATTTCCGACAGCCGTCATTTCTATTAATGAACATGACCAGGCTCCTGTGGCAGGGAAAATGTCAGTATGGCAATTCTATAAATTGACTAACTCAAATGTCATAGCAGAGAACCTGGGATCTC‑TTGATAAAGGAAATCCATCCTTCAATGTTCCAACTGTCGCTGGTTGCCGCTGGTTTGCTACAGGAAGATAAAATGAGTAAATATCTTTACGATGCAAAAACTAATATGTTTTACCCATTTACTCTGGAAAGTCAGTATAAGGAGTCTGGGTTATGGCCTCATAATGGA‑GTTGAAGTTGATGAGGATATATTTATTAAGTACCTGTCCCCACCTCCTGGGAAGGTGAGAGTTGCGGGTGATGATGGCTATCCTGCATGGGATGACGTACCGCCGCTAACTCATGAAGAACAACT > CP006584/2253845‑2254419 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |