| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 1,643,582 | 0 | G | A | 64.4% | 94.1 / 95.9 | 104 | intergenic (‑242/‑61) | LY180_07760/LY180_07765 | sulfatase/transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/15); new base A (38/29); total (60/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TCAGCTTGTCATAATTACCGGGTTGAAGTTTTCCTTTCCACCACATAAACATTGGGGTGTGAGTACCGCCAGGATAGGTCTGACTCTTATAGCCTTTTTGCGCCCCGTTCAGCGGCAGAGGACCATCGATAACCGCACCATTATCGGAGGTAAAGAGAATAATTGTATTGTCATACTGTCCGTTTTTCTTCAGTTGTTCGAGAATGCGTTTTACACCCTGATCAACAGAATAAACGGAAGCGTAGTACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACAAAATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCCTTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGACCGATTGTTAGGTAATCGTCACCTCCACAAAGAGCGACTCGCTGTATACC > CP006584/1643289‑1643877 | atccgtactaaatctataaaaacagaaaagaaaggttaattattggtgttagctatataaaaagtaacaacagcaatgcatatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATa > 2:424140‑M1/275‑298 (MQ=255) cAGCTTGTCATAATTACCGGGTTGAAGTTTTCCTTTCCACCACATAAACATTGGGGTGTGAGTACCGCCAGGATAGGTCTGACTCTTATAGCCTTTTTGCGCCCCGTTCAGCGGCAGAGGACCATCGATAACCGCACCATTATCGGAGGTAAAGAGAATAATTGTATTGTCATACTGTCCGTTTTTCTTCAGTTGTTCGAGAATGCGTTTTACACCCTGATCAACAGAATAAACGGAAGCGTAGTACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATac > 1:30596/1‑298 (MQ=255) cgtactcactctatataaacagaaaagaaaggttaattattggtgttagctatataaaaagtaacaacagcaatgcatatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATacac < 1:177265‑M1/27‑1 (MQ=255) aataacatgataaaaacagaaaagaaaggttaattattggtgttagctatataaaaagtaacaacagcaatgcatatgaataattaaaggttatgcaacggtcaaatattaaacgtcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttggtgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATc > 2:306495‑M1/269‑298 (MQ=255) 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ATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACAAAATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCCTTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGACCGATTGTTAGGTAATCGTCACCTCCACAAAGAGCg > 2:13705‑M1/1‑298 (MQ=255) AAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACAAAATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCCTTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGACCGATTGTTAGGTAATCGTCACCTCCACAAAGAGCGACTCGc < 1:135545‑M1/298‑1 (MQ=255) ggTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACAAAATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCCTTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGACCGATTGTTAGGT‑ATCGTCACCTCCACAAAGAGCGACTCGCTGTATAcc < 1:2659/298‑1 (MQ=17) | 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |