| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 1,643,618 | 0 | C | G | 26.1% | 145.9 / 73.9 | 90 | intergenic (‑278/‑25) | LY180_07760/LY180_07765 | sulfatase/transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/28); new base G (14/9); total (52/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCCACCACATAAACATTGGGGTGTGAGTACCGCCAGGATAGGTCTGACTCTTATAGCCTTTTTGCGCCCCGTTCAGCGGCAGAGGACCATCGATAACCGCACCATTATCGGAGGTAAAGAGAATAATTGTATTGTCATACTGTCCGTTTTTCTTCAGTTGTTCGAGAATGCGTTTTACACCCTGATCAACAGAATAAACGGAAGCGTAGTACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACAAAATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCCTTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGACCGATTGTTAGGTAATCGTCACCTCCACAAAGAGCGACTCGCTGTATACCGTTGGCATGCTAGCTTTATCTGTTCGGGCAATA > CP006584/1643325‑1643910 | taattattggtgttagctatataaaaagtaacaacagcaatgcatatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatctcctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCaaaa < 1:79022‑M1/60‑1 (MQ=255) aattattggtgttagctatataaaaagtaacaacagcaatgcatatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCaaaaa > 1:230183‑M1/238‑298 (MQ=255) caccacATAAACATTGGGGTGTGAGTACCGCCAGGATAGGTCTGACTCTTATAGACTTTTCGCGCCACGTTCAGCGGCAGAGGACCATCGATAACCGCACCATAATCCGAGGTAAAGAGAATAATTGTATTTTAATATTGTCCGTTTTTCTTCAGTTGTTGGAGAATGCGTTTTACAACCTGCTCACCAGAATAAACGGGAGCGTAGTACGGATGAATTCCATACTGATTTTGTTAAAACTACTATAGTTAAGGTGGAGACACATAATGTCATAGCATCAAATAGTTTCGTAAAAAAt > 2:191226/1‑298 (MQ=255) acaTAAACATTGGGGTGTGAGTACCGCCAGGATAGGTCTGACTCTTATAGCCTTTTTGCGCCCCGTTCAGCGGCAGAGGACCATCGATAACCGCACCATTATCGGAGGTAAAGAGAATAATTGTATTGTCATACTGTCCGTTTTTCTTCAGTTGTTCGAGAATGCGTTTTACACCCTGATCAACAGAATAAACGGAAGCGTAGTACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCaat < 1:57874/298‑1 (MQ=255) ggtgttagctatataaaaagtaacaacagcaatgcatatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCaataa > 1:256937‑M1/231‑298 (MQ=255) tGGGGTGTGAGTACCGCCAGGATAGGTCTGACTCTTATAGCCTTTTTGCGCCCCGTTCAGCGGCAGAGGACCATCGATAACCGCACCATTATCGGAGGTAAAGAGAATAATTGTATTGTCATACTGTCCGTTTTTCTTCAGTTGTTCGAGAATGCGTTTTACACCCTGATCAACAGAATAAACGGAAGCGTAGTACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGacaa < 1:142123/298‑1 (MQ=255) tataaaaagtaacaacagcaatgcatatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGAcaacaa < 1:16183‑M1/79‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |