| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 1,643,642 | 0 | A | G | 24.4% | 140.6 / 56.1 | 90 | intergenic (‑302/‑1) | LY180_07760/LY180_07765 | sulfatase/transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/29); new base G (14/8); total (53/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGTGAGTACCGCCAGGATAGGTCTGACTCTTATAGCCTTTTTGCGCCCCGTTCAGCGGCAGAGGACCATCGATAACCGCACCATTATCGGAGGTAAAGAGAATAATTGTATTGTCATACTGTCCGTTTTTCTTCAGTTGTTCGAGAATGCGTTTTACACCCTGATCAACAGAATAAACGGAAGCGTAGTACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACAAAATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCCTTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATCGACCGATTGTTAGGTAATCGTCACCTCCACAAAGAGCGACTCGCTGTATACCGTTGGCATGCTAGCTTTATCTGTTCGGGCAATACGATGCCCATTGTACTTGTTGACTGG > CP006584/1643345‑1643936 | ataaaaagtaacaacagcaatgcatatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACaaa > 1:243662‑M1/219‑298 (MQ=255) aaaagtaacaacagcaatgcatatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACAAAAtg > 2:64114‑M1/216‑298 (MQ=255) cggATAGGTCGGACTCTTTTTCCCTTTTTGCTCCCCGTTCAACGGAAGAGGACCATCGATAACCGCACCATTATCGTAGGTAAAGAGAATAATTGGATTGTCATACTGTCCGTTTTTCTTCAGTTGTTCGAGAATGCGTTTTACACCCTGATCAACAGAATAAACGGAAGCGTAGTACTGATGAATCCCCGAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGAGCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGa < 2:393043/297‑1 (MQ=25) caatgcatatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatcaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACAAAATGTGCGAACTCGatat > 1:117837‑M1/202‑298 (MQ=255) catatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACAACAAAATGTGCGAACTCGATATTTTac < 1:13705‑M1/102‑1 (MQ=255) tatgaataattaaaggttatgcaacgggcaaagattaaacttcccagtttaatgacaggttgctgtacttgcgtttgttgctcttgccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaatttcaatgcacgatgtaggcctgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCTCCAAAAAACATTAATCAGACAACAAAAAGTACGAACCCAATGTTTtacaa < 2:2659‑M1/104‑2 (MQ=255) tagtaataattaaaggttatgcaacgggcaaatgtgaaactgaccagttgaatggcatgttacggtcgttgcgtttgttgttctttccggatgcagcgtaaacgccttatccggcctacagttcattgcaaatccattcaagttcaatgcacgatgtaggactgatactgatgaatcccctaatgatttttatcAAAATCATTAAGTTAAGGTAGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCCAAAAATCAATAATCAGACATCAAAATGTGCGAACTCGATATTTTacac > 2:186157‑M1/195‑298 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |