| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 4,253,818 | 0 | T | C | 34.4% | 68.9 / 57.9 | 64 | S147S (AGT→AGC) | LY180_20335 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/20); new base C (12/10); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CATGCGCAGTTAAAACAACGTCACGCAACGATGCGTTTTGAAGAAATGAACGACGTCGAACGTGAACGGCTGGTTTGTGCAATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGC‑TGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTC > CP006584/4253525‑4254113 | cagacgcAGTTAAAACAACGTCACGCAACGATGAGTTTTGAAGAAATGAACGACGTCGAACGTGAACGGCTGGTTTGTGCAATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGt < 2:167658/294‑1 (MQ=255) 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cTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGCCTGTTTGAGTATGCACCGACCATTCTGCCGTCGGTAAAACCAGAGCACTATCTGCATTAAATAATTAACCAGAGTTTTTAACGTACTTAATCGTTCGTGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCCTATAGTGTCTGTAAATCCGTGCGGTTCATACGCCATACTGCTGCAACAGCCCAGCACCGAAGACTAGGCGTACGC‑TGCAAGGAGATTCTTTTCTCATCTTAACGCCCTCATTTGCAACCACACAAAGCCTGAGtatct > 2:167980/1‑294 (MQ=12) ttATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGC‑TGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATccc < 1:127301/298‑1 (MQ=255) tATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCAAAGGCAGACGC‑TGCGACGCCCTTTTCTTCCCATCTTGACGCCATGCTCCCCCACATCACAAAGGAGCAGTTCACCcg > 2:17834/1‑298 (MQ=37) 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gTGAATTATTCAGCCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAATAATTAACCAGAGTTTTTAACGTACTTAATCGGGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATACGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGC‑TGCAACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGa < 2:396915/298‑1 (MQ=255) ttattCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGC‑TGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAgctgc > 1:144359/1‑298 (MQ=255) tattCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGC‑TGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCTGAGTTATCCCGCCGGGAAATAGTAGAgctgct > 1:281892/1‑298 (MQ=255) attCAGCCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAATAATTAACCAGAGTTTTTAACGTACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATACGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGC‑TGCAACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGCTTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCtc > 1:429451/1‑298 (MQ=255) cAGCCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAATAATTAACCAGAGTTTTTAACGTACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATACGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGC‑TGCAACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCtcagt > 1:60133/1‑298 (MQ=255) aGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGC‑TGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCtcagtc < 1:251730/298‑1 (MQ=255) | CATGCGCAGTTAAAACAACGTCACGCAACGATGCGTTTTGAAGAAATGAACGACGTCGAACGTGAACGGCTGGTTTGTGCAATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGC‑TGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTC > CP006584/4253525‑4254113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |