| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 269,400 | 0 | G | A | 45.1% | 31.5 / 110.3 | 91 | E42E (GAG→GAA) | LY180_01185 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/23); new base A (20/21); total (47/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGA‑CGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCG > CP006584/269108‑269695 | aaGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTg < 2:51375/298‑1 (MQ=255) gccgcAGGGGAGCGATCATGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGat < 2:153271/298‑1 (MQ=255) aTCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTgg > 2:421470/1‑298 (MQ=35) ggAAAGATAATAAGAAGTTAAATTTTTGTAATAAATAATTAGAATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTAAATATTAGATGAAGATGTTTTTGATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAACAAGTGCTGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGaaa < 2:296401/298‑1 (MQ=11) gAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTTCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTTTTTGTTCCTTTATTTCGGGTGCTGAGGTGTGGGGAGATATAGAGGATTTTGGGGaaca > 2:327997/1‑296 (MQ=255) aaGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAacac > 1:57251/1‑298 (MQ=34) aaGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGAAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACTTAAATTATCGGATATTCACATGTTGACTATTTGTGCAGTTATTTCTGGTGAAAAGGGTTGGGAAGATATAGTGGATTTTGGGTAAacac > 2:354980/1‑298 (MQ=11) tcatcaGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACAtct < 1:404968/298‑1 (MQ=34) gTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTATAAATTGAGATATTAATTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTACTTATACATTATCCAATCCTCCTTACATAATTAGCGATAACACAATGTAACTTAAAAAATTGATGAAACATATTTCTATTATCCACGATTACAGACAAGCATGGAAAGTTGAACATAAATTATCGGATATTCTATTTTTAACTATTCTCGCCTTTATGTCTCGTGCTGTGGTTTGGTAAGACATAGAGGATTTTGTGCAAACACATCTTGAgttttt > 2:355479/1‑298 (MQ=11) cTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGc < 1:371477/298‑1 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |