Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 269,443 | 0 | T | G | 44.9% | ‑6.2 / 154.2 | 98 | F57V (TTT→GTT) | LY180_01185 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/26); new base G (21/23); total (49/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGA‑CGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTAT > CP006584/269150‑269738 | gTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTATAAATTGAGATATTAATTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTACTTATACATTATCCAATCCTCCTTACATAATTAGCGATAACACAATGTAACTTAAAAAATTGATGAAACATATTTCTATTATCCACGATTACAGACAAGCATGGAAAGTTGAACATAAATTATCGGATATTCTATTTTTAACTATTCTCGCCTTTATGTCTCGTGCTGTGGTTTGGTAAGACATAGAGGATTTTGTGCAAACACATCTTGAgttttt > 2:355479/1‑298 (MQ=11) cTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGc < 1:371477/298‑1 (MQ=38) gTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATg > 1:190505/1‑298 (MQ=40) cgaaaTAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAat < 2:397999/290‑1 (MQ=39) cTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAat > 1:397999/1‑292 (MQ=39) tCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTCATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGaaa > 1:365685/1‑298 (MQ=12) tcATTTTTTTTTTAAAAATTGAGATATTCCATATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAAAAAAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAAt < 2:273381/297‑1 (MQ=255) tAAAAATTGAGATATTCCTCATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGtt < 2:365685/298‑1 (MQ=255) gaTATTCCTCATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCa > 1:411559/1‑298 (MQ=255) cattaCCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCCagag > 1:195519/2‑298 (MQ=255) 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tATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATCAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCt < 2:259310/298‑1 (MQ=38) ttATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAACCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTACTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACCCATCTCGATTTTTTGCAGCAATTTGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTTTTCCCGAAACCATTGCCCAAGTTTTATCCTGTATCAGTTCTGCaaac > 2:163073/1‑297 (MQ=11) tataCATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAAt > 1:147868/1‑298 (MQ=255) ataCATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAACATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCAAGTGTTGTATCCGTTAACATTCAGGCAAAAtt > 2:420151/1‑298 (MQ=11) cATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCagag > 2:74405/1‑267 (MQ=39) cATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCagag < 1:74405/267‑1 (MQ=39) 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ccTTACATACTTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAACTATCGATGGAACATATTGCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGGAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCAACTGTTGACTATTTGTGCCTCTATTTTTGGTGCAGAGGGTGGGGAAGAGATAGTGGAGTTAGTGGCAACACACCCCGATTTTTTGATGGAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCAGGATACAATTTCTAGGTTTGTATCATGTACCAGTTCGGCAAACTCTTCCGAGTCCttttctt > 2:351392/1‑294 (MQ=11) ccTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACTATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCCTTCCGTCAAAATTTCACGAGTGCTttatta > 1:35699/1‑298 (MQ=255) tACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACt < 1:354980/298‑1 (MQ=39) 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GTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGACTGCCATTCTTCAGATGATAAAGA‑CGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTAT > CP006584/269150‑269738 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |