| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006584 | 1,335,968 | A→G | intergenic (+281/+21) | LY180_06295 → / ← LY180_06300 | thymidine kinase/bifunctional acetaldehyde‑CoA/alcohol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 1,335,968 | 0 | A | G | 97.7% | 141.1 / NA | 43 | intergenic (+281/+21) | LY180_06295/LY180_06300 | thymidine kinase/bifunctional acetaldehyde‑CoA/alcohol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (23/19); minor base T (0/1); total (23/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATTAATAAGAATTTCTTTACTGACAGGGTGAGCAGGGCACTTTTATCCTGTCAGTTCGTTTTACGCACTTCTTCCGGGCTATATACCCTTCTCGGCAGTTTTTTAACGCCGCTATACGCCTCACAGGGCTCTTAAGCACCGACGTTGACTTGTGACCTGTAAAGTACAATATCCCTGTGTTTAGGCGTTATACATCGTCGCAAATATGATGAAGGCTAATGCTGTCGGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAAACGGCCCCAGAAGGGGCCGTTTATATTGCCAGACAGCGCTACTGATTAAGCGGATTTTTTCGCTTTTTTCTCAGCTTTAGCCGGAGCGGCTTCTTTTTTCGCTGCAGTTTCACCTTCTACATAATCACGACCGTAGTAGGTATCCAGCAGGATCTGTTTCAGCTCGGAGATCAGCGGGTAACGCGGGTTAGCGCCGGTGCACTGGTCATCGAACGCATCTTCAGACAGTTTATCCACGTTCGCCAGGAAGTCTGCTTCCTGAACGCCAGCTTCACGGATAGATTTCGGAATACCCAGTTCAGCTTT > CP006584/1335682‑1336249 | gATTAATAAGAATTTCTTTACTGACAGGGTGAGCAGGGCACTTTTATCCTGTCAGTTCGTTTTACGCACTTCTTCCGGGCTATATACCCTTCTCGGCAGTTTTTTAACGCCGCTATACGCCTCACAGGGCTCTTAAGCACCGACGTTGACTTGTGACCTGTAAAGTACAATATCCCTGTGTTTAGGCGTTATACATCGTCGCAAATATGATGAAGGCTAATGCTGTCGGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAAACGGCCCAAGAAGGGGCGGTTTAGGTTGCCAGaacc > 2:49536/1‑295 (MQ=255) aTTAATAAGAATTTCTTTACTGACAGGGTGAGCAGGGCACTTTTATCCTGTCAGTTCGTTTTACGCACTTC‑TCCGGGCTATATACCCTTCTCGGCAGTTTTTTAACGCCGCTATACGCCTCACAGGGCTCTTAAGCACCGACGTTGACTTTTGACCTGTAACGTACAATATCCCTGTGTTTAGGCGTTATACATCGTCGCAAATATGATGAAGGCTAATGCTGTCGGTTTATGGACAAGTTGCTTTGTGTAAACAAAAAAACGCCCCCAGACGGGGCCGTTAATGTTgtacgacatcg > 2:321334/1‑288 (MQ=255) aTTTCTTTACTGACAGGGTGAGCAGGGCACTTTTATCCTGTCAGTTCGTTTTACGCACTTCTTCCGGGCTATATACCCTTCTCGGCAGTTTTTTAACTCCGCTATACGCCTCACAGGGCTCTTAAGCACCGACGTTGACTTGTGACCTGTAAAGTACAATATCCCTGTGTTTATGCGTTATACATCGTCGCAAATATGATGAAGGCTAATGCTGTAGGTTTATGGAAAAGTTCCTTTTGGTAAACAAAAAAACAGCTCAATAAGGGGCCGTTTTTGTTGACAGATAGCGCtccaatgt > 2:167836/1‑291 (MQ=255) ttctacgGACTTCTTCCGGGCTATATACCCTTCTCGGCAGTAGATTAACACCGCTATACGCCTCACAGGGCTCTTAATCGCCGACGTTGACTTGTGAGCTGTAAAGTAAAATATCCCTGTGCTTAGGCGTAATACATCGTCGCAAATCTGATGAAGGCTAATCCTGTCGGTTTATGGAAAAGTTGCTTTGGGTAAACAAAAAACCGGACCCAGAAGGGGCCGTTTAGGTTGCCAGACCGCACTTATGAgcctaattcattaaacccaatgctctccttgtaatgttaaacttttttaa > 2:184810‑M1/4‑248 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |