Predicted mutation | ||||||
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RA | CP006584 | 194,161 | A→G | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 → | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP006584 | 194,161 | 0 | A | G | 98.2% | 181.4 / NA | 55 | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (27/27); minor base T (0/1); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
TACAGAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGA > CP006584/193867‑194447 | tACAGAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTgg < 1:13148/298‑1 (MQ=255) gAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATACTCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGa > 1:120913/1‑298 (MQ=255) ctgactgaTGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAg > 2:136302/1‑298 (MQ=255) actgaTGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGc > 1:365829/1‑298 (MQ=255) aaaaaaTGGAAGGGGTGCGGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGAGGCCTGTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTAAGTAGATCCTGGCGGGCCGGCTGGCGGCTTTTTGCTTTTTATCCTGTCTCAACTCTGGTTGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACGTCCGCGTAGTTGCTCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTcccc < 2:369923/296‑1 (MQ=255) aGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGTCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTcccc > 1:45270/1‑298 (MQ=255) cggggcgaGAAAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTTATTTCTTGAACAGCAAAATCGCCGTTGAGTAGTTCCTTTCGGATAGGTTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCAGTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACGTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATgg < 2:303976/291‑1 (MQ=255) 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ggcaAAAATGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGt < 1:90756/298‑1 (MQ=255) aaaaaTGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTa < 1:142503/298‑1 (MQ=255) aaaTGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATg > 1:254421/1‑298 (MQ=255) aTGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGa < 1:396772/298‑1 (MQ=255) tCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAAt > 1:406822/1‑257 (MQ=255) tCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAAt < 2:406822/257‑1 (MQ=255) | TACAGAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATGTCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGA > CP006584/193867‑194447 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |