Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006584 | 2,312,773 | C→G | intergenic (‑83/+436) | LY180_11070 ← / ← LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 2,312,773 | 0 | C | G | 97.2% | 89.7 / NA | 36 | intergenic (‑83/+436) | LY180_11070/LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (18/17); total (19/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
GTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCAC‑TAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTTTGTTGAGTCGCCATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCTGCGATCTACTT > CP006584/2312489‑2313027 | gTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCAC‑TAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCg > 1:414443/1‑298 (MQ=255) tAGTAATTTTTAATCGAGAACTACAGAATATATTCAACCAACGAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTGTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCTATTACTTCAACACAACAATCAACCGTAACAGAGCCAC‑TAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTGTTGTGTCAGCGTGTCCATACGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATc < 2:283835/298‑1 (MQ=14) gAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCAC‑TAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCATTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTCCACTGCCTGTCGATCCTGGTTTACGTATGTTGGACCACGCTTTTGCACTTCGGATCAGATCAATAACTTCGGc > 2:161931/1‑298 (MQ=14) aCAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCAC‑TAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTTTCCATCCGCCCTCCTTATTAAGGACCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTCACTACTTTGGACCACCCTGGTTACCTCCGGCTCAGAGCACTACCCGCGGccccac > 2:7188/1‑298 (MQ=14) 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ttGTGTTAGCGGGTCCACCCCCTCTCCTTATGAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTGCCCTTACCCTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGGTGTTGCACTCCGTATCAGAGCACTACCTGCGGGACCCCCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATACGGCGCACCTGCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAag < 2:101827/298‑1 (MQ=17) ggacgCGTGGCCATCCTCTCTCATGATTACGGAACGCAACACCAGCATCGTACCCGTCCACCGTCTGTCGCTAGGGGTTTACGTATGATCGGCCACGATGTTGCACGTCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAagtagt < 2:66840/294‑1 (MQ=255) gtCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCCCAACCCCAGAGCCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTATGTTGGACCACGATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATaaaa < 2:172400/298‑1 (MQ=18) 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GTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCAC‑TAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTTTGTTGAGTCGCCATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCTGCGATCTACTT > CP006584/2312489‑2313027 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |