| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006584 | 2,505,816 | A→G | intergenic (‑1173/‑340) | LY180_11895 ← / → LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 2,505,816 | 0 | A | G | 97.4% | 121.5 / ‑4.2 | 38 | intergenic (‑1173/‑340) | LY180_11895/LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (18/19); total (18/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
CCGAGCTCGAATTCCGCGCGCCCGATGAATTGATCCCGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGAATTGGTCGACAAGCTCCCCATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTACG‑CGACGAAAGAAGACGC‑GAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGC > CP006584/2505524‑2506105 | tttcttttgcaccgctgcacaacccggctcacctgatcggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTACG‑CGACGAAAGAAGACGC‑GAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCg < 1:323559‑M2/165‑1 (MQ=255)cttcttttgcaccgctgcacaacccggctcacctgatcggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTACG‑CGACGAAAGAAGACGC‑GAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCg > 1:595‑M2/134‑298 (MQ=255) ccgctgcacaacccggctcacctgatcggtatcgaaaaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTACG‑CGACGAAAGAAGACGC‑GAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACt < 1:78706‑M2/176‑1 (MQ=255) tgcacaacccggctcacctgatcggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCTATGTTGAAGACAACTACG‑CGACGAAAGAAGACGC‑GAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTgcgc > 1:367963‑M2/119‑298 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |