New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 1643563 = | 50 (0.820) | 86 (1.450) | 68/566 | 0.0 | 78.1% | intergenic (‑223/‑80) | LY180_07760/LY180_07765 | sulfatase/transposase |
? | CP006584 | = 4565632 | 0 (0.000) | intergenic (‑372/+82) | LY180_21775/LY180_21780 | hypothetical protein/lysine 2,3‑aminomutase |
GCGAGTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTG‑ATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCG‑TGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP006584/1643869‑1643563 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AGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCG‑TGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATTTGCAATGAACTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTA < 1:432544/298‑1 AGAGGGAGATGTTTACAGTAAAGTAAGGCGTGGCAAGCAAAGGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAAGTCTGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCG‑TGTAAAATATCGAGTTCGCACATTGTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAGACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATGCGCAATGAACTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTA < 2:195083/298‑1 GTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCG‑TGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATTTGCAATGAACTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCTGCATCCGGCAAGA < 1:570649/298‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
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