| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 2385043 = | 2 (0.030) | 52 (0.850) | 46/584 | 0.4 | 96.3% | coding (718/1026 nt) | LY180_11390 | microcin C ABC transporter permease |
| ? | CP006584 | 2565085 = | NA (NA) | intergenic (+71/‑106) | LY180_12185/LY180_12190 | D‑serine dehydratase/hypothetical protein | |||||
GGATCTCGGTTCTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATG‑AGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATA > CP006584/2384747‑2385340 | ggATCTCGGTTCTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATG‑AGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGgc < 1:650558/298‑1 (MQ=255) cttggtggtGTTTGGGCGGGTGCCGACGCTGGGTTGCGGCGGGGTGGGGTGGCTGGTGGGGTCGGTACAGGGTTATTGCGGCGGTGAAGTGGATCTCGGGGGGCTACGCTTTAGTGACGTATGGTCGGGGATGCGTACGCTGGTGTTGGTTGTTTTCCTTGCCAGCGGGGTACAGCGTAACTTCTGGTGGGTGCTGGCAATTGCTGTCTTGGTTGGCTGGATG‑AGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTGTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCtt < 2:381782/290‑1 (MQ=255) ttCTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATG‑AGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGc < 1:190934‑M1/298‑2 (MQ=255) gCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATG‑AGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaatc > 1:66584‑M1/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |