| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 4496731 = | NA (NA) | 289 (4.720) | 214/586 | 0.0 | NA | coding (521/1209 nt) | LY180_21450 | hypothetical protein |
| ? | CP006584 | = 4497432 | NA (NA) | intergenic (+13/+464) | LY180_21450/LY180_21455 | hypothetical protein/D‑allose kinase | |||||
CGAACGAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTT‑ATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGCGACTTTAATAAGT > CP006584/4497141‑4497726 | cGAACGAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTgg > 1:325513/1‑298 (MQ=11) aaCGAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGc > 1:170558/1‑298 (MQ=31) gAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATc > 1:517959/1‑298 (MQ=32) gAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATc < 1:18801/298‑1 (MQ=32) agagCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATc < 1:644940/298‑1 (MQ=35) gTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGAc > 1:6227/1‑298 (MQ=38) ttGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGAt < 1:428483/298‑1 (MQ=39) ttGATATCATGCTGCTAACCTCCCTGATGATTCAACTAACAGGTTGGCTTGCGGGGTTTCATGGTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTGCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGAt < 2:18414/298‑1 (MQ=255) tGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATc > 1:628796/1‑298 (MQ=39) acgtgctAATCGCCCTGATGTTTCAAATAACATGTTGGCTTGCGGCCGTTCATGCTAAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACg < 2:258649/295‑1 (MQ=255) 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aaGACTTAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCcattt‑atcatt < 1:401633/298‑1 (MQ=255) ttAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTT‑ATCATTTATGt < 1:172167/298‑1 (MQ=255) ttAC‑TCGTGGCTGCAACCCTACTAGC‑TCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAATCTCCATTT‑ATCATTTATGt > 1:19568/1‑298 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |