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CAGCGAGTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGGGTAAAGCATAAAAGGCTGGTCAAGTGTTTTGGCACGATCAACAACGCCAATTGCCTCATCGGTTAACTG  >  CP006584/1645168‑1645573                                                                                                              |                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cAGCGAGTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTTGCAAGCCCACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGTGCAGAAATGGTAAAGAGAGTAGAGTAAAATATCGAGTTAGCACATCTTGTTGTCTTATTATTTATTTTTCGATAAACCTGTTGATCAAATTACATGATTCGTATCTACattaac                                                                                                              >  2:51573/1‑298 (MQ=11)   gCGAGTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCCAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTGTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATTGAGTTCGCACCTCTTGTTTTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATTTGTTTcccccatacctt                                                                                                            >  2:546231/1‑287 (MQ=1)     gAGTCGCTCTTTGTGGCGGTGACGATTACCTCACAATCGGTCGACTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGTTTGGCAGGTTACGCCCAAGTTCTGTAAGAGTGTGAGTTTTACAGTCACGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTCAAGCTGTTGAGTCGCGTTAAGTGTAATTTGGGGTAGAATTGGTCAAGAGAGTCGTATCAACTATCGAGTTCGACCAGCTTGATGTCTGAGTATTGAATCTTCGCCAAGCCATTTGCTCATATGGCCAGATGTTTCTCTCCcttacattat                                                                                                          >  2:634117/1‑292 (MQ=11)                                        aTCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTCAGAGCGCGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCAAGCCAACGCTAAGCTGTGGCGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGCATTAGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATCTCGAGCTGGCACATCTTGTTGTTTGCTTATTAACTTTTCACGAAACAATTTAATCATATGACATATTGTTTACCATCCTTAACTAAAACATTATCATATACATCATCATGCGATTCATCAga                                                                       >  2:544508/1‑297 (MQ=11)                                                    gTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAACTGGTAAAGAGAGTCGTGTCAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGTTTTTTGGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTACCTTAATGATATTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGGGTAAAGCATaaa                                                           >  2:177662/1‑298 (MQ=255)                                                     tttGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGGGTAAAGCATaaaa                                                          >  1:257445/1‑298 (MQ=25) 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                                                                                                          tagagTGTGTGTTTTACAGTCAAATAAGGTGTGGCAAGCCAAGTTGAAGCTGTGGAGTTTGTGTAATTGTAATTGTGGGCAGAATTGGTAAAGGAAGTCGTTGAAAATATCGAGTTCGGACATTTTGTGGTCTGAGTATTGAGTTTTGGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAGATCAGTAGGTGATTCATCAGGGTAAAGCATAAAAGGCTGGTCAAGTGTTTTGGCACGATCAACAACGCCAATTGCCTCATCGGTTAAc    <  2:479090/297‑1 (MQ=18)                                                                                                            agagTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGGGTAAAGCATAAAAGGCTGGTCAAGTGTTTTGGCACGATCAACAACGCCAATTGCCTCATCGGTTAACt   >  1:470574/1‑298 (MQ=255) 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                                                                                                             agTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGGGTAAAGCATAAAAGGCTGGt                                                   <  2:424962/248‑1 (MQ=255)                                                                                                              |                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CAGCGAGTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAATGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATCTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTCGCGAAACCATTTGATCATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGGGTAAAGCATAAAAGGCTGGTCAAGTGTTTTGGCACGATCAACAACGCCAATTGCCTCATCGGTTAACTG  >  CP006584/1645168‑1645573

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑